Evrim ve doğal seçilimden söz açıldığında konuyu önce üç mesele ekseninde düzenlemeliyiz: 1) Evrim teorisi türlerin menşei, insanın kökeni ve türlerin yapısı ve değişimi hakkında gerçekçi hangi iddiaları içermektedir. 2) Bu teorinin bilimsel ve gerçekçi iddialarını teyit etmek üzere hangi delil ve dayanaklar gösterilmektedir. Bu delil ve dayanaklar ne ölçüde güvenilirdir. 3) Bu teorinin gerçekçi iddiaları din, ahlak ve felsefe gibi alanlardaki diğer önemli mevzular için hangi gerekler ve sonuçları doğurmaktadır. Bu üç meseleyi birbirinden ayırmak büyük önem taşımaktadır. İlk iki konuyu ele almak evrimci biyologların yükümlülüğündedir. Ama üçüncü mesele ilk iki konudan bağımsızdır ve ona cevap vermek felsefeciler ve ilahiyatçıların işidir. Bu iki grubu birbirinden ayırmak zorunludur. Çünkü tarihsel bakımdan bazen filozoflar ve ilahiyatçıların bu bahiste uzmanlıkları olmayan meselelere girdiğini, keza biyologların da en küçük bir uzmanlıkları bulunmayan din ve felsefe alanlarında birtakım görüşler ortaya attıklarını gördük. Her iki taife de genel muhatapla karşılaştıklarında mecburen kendini savunma pozisyonu alıp kendi görüşlerinin lehine ve karşı tarafın aleyhine olan delilleri sıralamaktadır. Bu da sadece sorunun belirsizliğini ve karmaşasını arttırmaktadır. (Sweetman 2010, 82).
Evrim teorisinin yapısal bileşenlerinden biri doğal seçilimdir. Onu evrimci biyolojinin kavramsal çerçevesinde görmek mümkündür. Aynı zamanda, onun vasıtasıyla hem canlı varlıkların nasıl değişim geçirdiğinin izah edildiği, hem de evrim teorisinin meşrulaştırıldığı bir mekanizmadır. Bu teorinin eksenindeki net iddia şudur: 1) Eğer bir türün bireyleri arasında kalıtımsal özelliklerde değişim yaşanıyorsa, 2) bu özelliklerden bazıları diğer özelliklerden daha fazla hayatta kalmaya ve üremeye yardımcı oluyorsa, bu durumda 3) aynı özelliklere sahip bireylerin sayısı ne kadar fazla olursa o türün nüfusu da o kadar fazla olacaktır. Sonuçta da madem ki çevresel şartlar olağanüstü değişimlere yolaçmıyor, kalıtımsal özelliklerin toplamı süregiden nesiller boyunca tedricen değişim geçirecek demektir. Bu nedenle türün çevreye uyumu doğal seçilimin rolünü temel ve hayati bir rol yapmaktadır. (Brinthaupt 2008, 440).
3.2.1. Eleştirel duraksama
Natüralizm günümüzde bir dindir, diğer bir deyişle bir tür dine dönüşmüştür. Yani aslında dinin en önemli işlevlerinden birini üstlenmiştir. Natüralizm, takipçileri için bir çeşit dünya görüşü sunmaktadır. Bize evrenin ne olduğu, dünyada önemli ve derin durumların mahiyeti, âlemdeki yerimiz, bizim diğer varlıklarla ilişki ve bağımızın niteliği, ölümün ve ölmekten beklentimizin ne olduğu hakkında ve bu benzeri pek çok şeye dair söz söylemektedir. Yine natüralizm, bir dinin epistemik veya ideolojik işlevini yerine getirmektedir. (Plantinga 2010, 324).
İnançsız biri olan, kendi itirafıyla uluhiyet hissinden yoksun ve sonuçta da ne tabiatta ilahî hedefin ne de aşkın ve doğa âleminden üstün bir varlık bulmanın peşine düşen Thomas Nagel, günümüzdeki düşünürlerin bilime inancı ve natüralist inançlarını tenkit ederken şöyle demektedir:
Doğa bilimleri, bizim gibi canlı varlıkları nesnel mekan ve zaman düzenine sahip parçalar olarak vasıflandırabilir. Ama bu bilimler bu canlı varlıkların zihinsel tecrübelerini betimleyemez. Bu dünyanın nasıl olup da spesifik ve farklı bakışaçılarına göre görünür hale geldiğini anlatamaz. Tecrübenin ortaya çıkmasına neden olan nörolojik fizyoloji süreçlerinin fiziksel betimlemesini yapabilir. Ama böyle bir tavsif ne kadar ileri seviyede olursa olsun bu tecrübenin zihinsel mahiyetini -o tecrübenin öznesinin bakışaçısından durumların nasıl olduğunu- bir kenara bırakacaktır. Böyle olunca da o olmaksızın bilinçli deneyim asla mevcut olamayacaktır. (Nagel 1392 [2013], 18).
Nagel bu doğrultuda evrenin nasıl anlaşılabilir hale geleceği sorusunu ele alırken doğa bilimlerinin kısıtlılığını vurgular ve bilimi her şeyin kriteri görüp evreni ve varlıkları anlaşılır kılmanın tek yolu sayan doğaya inançlı indirgemecilerin aksine der ki, hakkında hiçbir şey bilmediğimiz çok sayıda hal var. Tabii ki elimizde anlayışımızı geliştirebileceğimiz hayli fırsatlar da var. Fakat bilimsel doğacılar bu gelişimin mahiyetini bildiğini iddia ediyor. Onların tahminine göre doğanın düzeninin anlaşılabilir olduğu bir yana, hatta anlaşılabilir olmasının da bir tek şekli vardır. O da her şeyin meydana geldiği en basit öğelere hâkim fizik yasaların en basit ve en tek parça halinde bulunabilir. Bu, bilimsel iyimserliğin maksadı olan her şeyin teorisidir. İndirgemeci doğacıların bütün gayreti ve planı, bu telakkinin kâmil olduğunu savunmak ve bunun yerini alacak başka şeyleri ve seçenekleri reddetmektir. (Nagel 2012, 20).