İkinci husus da şudur: sözü geçen istidlalde insan hakikatinin cevheri veya ilahi ruhu teşhis ve tanıma meselesi de ondan ayırt edilmiştir. Oysa bu husus üzerinde düşünülmeye değer bir konudur. Kur'an ruhun hakikatinden bahsederken sözü kısa kesmekte ve insanoğlunun kapasitesini bunun için yeterli görmemektedir. İnsanın bu konuda çok az bir bilgiye sahip olduğunu belirterek uyarmaktadır. Kur'an ruhtan söz ederken onu emir (''yaratılış'' silsilesinin aksine) hakikati kapsamında değerlendirmekte ve buna hâkim mantığın da ''ol deyince oluverir'' şeklinde açıklamaktadır. Yani insanoğlu ile ilgili yaratılışta yer alan aşama, kurallar, koşullar ve zorunluluklar söz konusu değildir. Allah'ın ''emri'' ve ruh ki ondandır, bedenlerimizle sınırlandırılamadığından insanın bilgi ve mantık kapasitesini aşmaktadır. Bundan dolayı, insan tarafından anlaşılması pek mümkün değildir. Bu iki husus dikkate alındığında ''ruh''un İslamî psikolojinin konusu olamayacağını belirtmeliyiz.
Nefis Varsayımı
Diğer bir gurubun düşüncesine göre, İslamî psikolojinin inceleme konusu ''nefis'' olmalıdır. ''Nefis''ten söz ederken artık ''ruh''u salt fizik ötesi bir hakikat olarak ele almayacağız. Bundan sonra ruh bedenle olan ilişkisi kapsamında ele alınacaktır. Çünkü psikoloji bu anlamda -nefis bilimi veya ilmu'n-nefs olarak- nefsin her iki yönü olan üstün ve aşağılık yönlerini inceleyecektir. Zira beden ve ihtiyaçları söz konusu olduğundan artık salt yüce işlerden söz etmek mümkün olmayacaktır.
Ancak ister istemez şu soru karşımıza çıkmaktadır: ''Nefsi'' İslamî psikolojinin konusu olarak seçmenin nedeni nedir? Bunun nedeni şu olabilir: Kur'an ruhtan söz ederken çok kısa kestirmekte ama nefisten söz ederken onu çeşitli yönleriyle zikretmektedir. Nefsin emmare, levvame, mutmainne gibi mertebeleri ve her mertebeye ilişkin özelliklerinden söz etmektedir. Bununla birlikte, rivayetlerde de insanı nefsini tanımaya davet eden çeşitli uyarılar vardır. Bunun olabilirliği sadece mümkün gözükmemiş aynı zamanda diğer bilimlerden de daha önemli olduğu belirtilmiştir.
İslamî kaynaklarda, nefisten söz edildiğinden şüphe yoktur. Ancak bu sebeple nefis bilgisini, tecrübi bir bilim dalı olan psikoloji ile eşdeğer tutmak mümkün müdür? Eğer böyle ise, nefis bilgisinden kastedilen felsefi anlamda sözü edilen ''ilm'un-nefs'' midir? Yoksa onunla kastedilen felsefi ''marifatu'n-nefs'' midir? Yoksa ondan kastedilen irfan anlamındaki ''marifatu'n-nefs'' midir? Bu ikisinden hiçbiri, İslamî psikolojiyi tesis etmek için yeterli değildir. Eğer marifet-i nefisten -nefis bilgisi- kastedilen felsefi anlamdaki ilm'un-nefs ise nefsin soyut, hadis ve kadim oluşundan, nefsin kuvveleri vb. konulardan söz edeceğinden psikoloji bilimi ile eş anlama gelmeyecektir. Aynı şekilde, irfani marifatu'n-nefs yaklaşımı ile alanını, nefsin mahiyeti ve soyut oluşunu konu edinen teorik felsefeden ayırarak nefsi tanımak için seyr-i süluk yöntemini ortaya koymaktadır.
Müslüman filozofların felsefi yaklaşımlarında yer alan marifatu'n-nefs ile İslam ariflerinin irfani anlayışlarında yer alan marifatu'n-nefs'in modern psikoloji bilimindeki teorilere alternatif olarak -davranışçılık ve bilişsel psikoloji gibi- İslamî psikoloji olabileceğini düşünen kimseler kuşkusuz yanılgıya düşmüşlerdir. İslamî psikoloji, bu anlamıyla modern psikoloji bilimindeki teorilerle ortak bir paydaya sahip değildir. Çünkü iddiaları aynı türden olmayacağı gibi elde edecekleri sonuçlar da aynı olmayacaktır. Modern psikoloji biliminin iddiaları, bütün deneyimlerden elde edilen verilerin bir araya toplanması sonucu elde edilebilmektedir. Ancak felsefi ilm'un-nefs ile irfani ilm'un-nefisteki iddialar bu şekilde değildir. Söz konusu iddialar sırasıyla daha çok akli istidlal ve bireysel şuhûd şeklinde temel rol oynamaktadırlar. Birincisinin yöntemi tecrübi olan modern psikolojinin yöntemi ile tamamen farklıdır. İkincisinin yönteminde, şuhûd bir tür tecrübi yöntem olarak kabul edilmekle birlikte ispatlanması veya başkalarına intikali mümkün değildir.
Bundan hareketle, ilmu'n-nefs veya marifatu'n-nefs İslamî psikolojisinin konusu olamaz. Elbette, kimileri nefis hakkındaki bu tür bilgileri İslamî psikolojinin ''belirlenen ilkeleri'' kapsamında ele alabilir, ancak İslamî psikolojinin ''konusu'' olarak belirleyemez. İslamî psikoloji bu bağlamdaki ilkelere dayanarak, sahip olduğu kavramlar, açıklama yöntemleri ve İslam’ın insan tanımına ilişkin varsayımlarını esas alarak birey hakkında ne tür bir bilgi sunmaktadır? Bu yolla elde edilen tanımanın kendisi, nefsi tanıma alanlarından biri olmakla beraber felsefi ilm'un-nefs ve irfani marifatu'n-nefs alanlarından farklıdır. Genel bir kavram olması ve herkesi kapsamasından dolayı felsefi ilm'un-nefs, irfani marifatu'n-nefs ve modern psikoloji onun kapsamı içerisinde yer almaktadır.