İkinci yaklaşımın neticesi şu oldu: Mesela Batlamyus astronomisinin hakim olduğu ve dokuz gökkürenin kesin gerçeklik kabul edildiği bin yıl önce Kur’an’da geçen yedi gök, dokuz gökküre anlayışına uymuyordu. Bu yüzden, o dönemin astronomisiyle ayetlerin zâhirdeki çelişkisini bertaraf edebilmek için “arş” ve “kürsi” kelimelerini sekizinci ve dokuzuncu felek olarak tarif etmek zorunda kaldılar.
Yani ikinci yaklaşımın kabul edilmesi, bazı Kur’an ayetlerinin bilimsel bilgilerle çatıştığı her defasında mecburen Kur’an’ı tevil etmek ve bilimsel bilgiye uydurmak gerektiği anlamına gelmektedir. Sonuç itibariyle denebilir ki, deneysel bilimler kesin olmadığına ve nihai bilgiyi sunmadığına, öte yandan ilahî vahiy de kesin, değişmez ve hatasız olduğuna göre, bu durumda deneysel bilimlerin bilgisini kesin ve değişmezmiş gibi Kur’an’a nispet etmek mümkün değildir. Kişi Kur’an’a kesin biçimde nispet ederse bir çeşit dayatma yapmış ve adaptasyona yönelmiş olur, bu da reyle tefsir demektir. Dolayısıyla bilimleri Kur’an’a arzetmek gerekir, Kur’an’ı bilimlere değil.
Üçüncü yaklaşım: Kur’an’ı daha iyi anlamak için bilimlerin istihdam edilmesi ve onlardan yararlanma
Bu yaklaşımda Kur’an müfessiri, gerekli şartları taşıyarak ve tefsirin kurallarına riayet ederek, bilimlerin, Kur’an ayetlerinin zâhirine (lugat ve ıstılah manasına uygun) aykırı olmayan kesin bilgilerinden (akıl tarafından desteklenir) istifade yoluyla bilimsel tefsir yapmaya ve Kur’an’ın bilinmeyen anlamlarını keşfetmeye çalışır. Bu çeşit tefsirin doğruluk şartı, müfessirin her türlü tevil ve reyle tefsirden kaçınması ve yalnızca Kur’an’ın maksadından ihtimal biçiminde bahsetmesidir. Çünkü deneysel bilimler, metodlarda duyusal ve tümevarımsal oluşu nedeniyle kesin teoriler sunamaz.
Bazıları, Kur’an’ı daha iyi anlamak için bilimlerden yararlanmanın Kur’an’ın bilimsel mucizeviliğine de yardımcı olacağına inanmaktadır. Mesela bitkilerin tozlaşma yasası onyedinci yüzyılda keşfedilmiştir. Lakin ondan yaklaşık on yüzyıl önce Kur’an bitkilerin tozlaşmasından sözetmiştir.
Bu çeşit tefsiri onaylayanlar, modern keşiflerin ve bilimsel yasaların Kur’an’daki bazı meselelerin açıklanmasını sağladığını ve ayetleri tefsir ederken bize yardımcı olduğunu savunmaktadır. Mesela yerkürenin kendi etrafında ve güneşin çevresinde hareket etmesi “اَلَمْ نَجْعَلِ الْاَرْضَ كِفَاتاً” ayetinin tefsir edilmesini ve ayetin manasının anlaşılmasını sağlamıştır: “Yeri, hızlı ve çekimli harekete sahip kılmadık mı?” Oysa daha önce şöyle tercüme ediliyordu: “Yeri, insanlığın her işi için yeterli kılmadık mı?” Dolayısıyla denebilir ki, eğer birey, bir Kur’an müfessirinin şartlarına sahip olarak ve muteber tefsirin kurallarına riayet ederek, zâhiri itibarıyla, ispatlanmış ve kesin bilimsel yasaya uygun olan bir ayeti kesin bilimsel bilgiyle tefsir ederse, bu, reyle tefsir sayılmamak bir yana, üstelik ayetin mana ve tefsirine açıklık kazandıracak girişim olur. Bazı üstatlar der ki, “Eğer bir ilim adamı, kesinliğinden emin olduğu elindeki bilimsel araçla Kur’an’daki kimi belirsizlikleri giderebiliyorsa bu tasvip görecek bir iştir. Bunun şartı, görüşünü açıklamaya ‘belki’ kelimesiyle başlaması ve şöyle demesidir: Belki -veya kuvvetle muhtemeldir ki- ayetin maksadı budur. Böylece eğer sözkonusu bilimsel teoride değişiklik meydana gelirse Kur’an’a herhangi bir halel gelmemiş ve yalnızca yapılan tefsirin hatalı olduğu söylenmiş olacaktır.”
Bilimsel tefsirdeki üçüncü yaklaşımı izah ederken şöyle denebilir: Bu metodda müfessir, bilimleri Kur’an’ın hizmetine sokmanın peşindedir ve asla bilimsel teoriyi Kur’an’a dayatmaz. Bilakis ayetin manasını aydınlatmak için bilimlerin kesin bilgilerinden yararlanmak ister. Mesela güneşin hareketinin ispatlanması (kendi etrafında vs.) “وَالشَّمْسُ تَجْر۪ي لِمُسْتَقَرٍّ لَهَا” ayetinin manasının büyük ölçüde açıklık kazanmasını sağlamıştır. Yahut yeni bilimsel keşifler, Kur’an’daki bilimsel anlamların her geçen gün daha belirgin ve bariz hale gelmesini temin etmektedir. Çağdaş araştırmacılardan biri bu konuda şöyle der:
Bu konuda (ayın keşfi) bilimdeki gelişme nasıl da Kur’an’a uygun düştü. Yani ondört yüzyıl sonra bilim, bu ölçüde Kur’an’a yetişti. Bu, hem Kur’an’ın mucizesidir, hem de Kur’an’ın bilime uygunluğu tartışmasızdır. Ama böyle olmayan, aklî ve matematiksel delile dayanmayan, temelini tahminin ve kesin olmayan dayanakların oluşturduğu teorilerde geleceği beklemek ve Kur’an’ın zâhirinden vazgeçmemek gerekir.
Bundan dolayı bir kimse doğa bilimlerinin kanıtlanmamış teorilerini Kur’an’a adapte etmek isterse, bunun neticesi, bilimlerdeki geçersiz bilgiler, tezatlar ve çelişkilerin Kur’an girmesi olacaktır. Fakat eğer bilimsel tefsir sahih biçimde gerçekleşirse, yani Kur’an tefsiri doğa bilimleriyle ve tefsirin ve müfessirin şartlarına riayet ederek yapılırsa herhangi bir sorun çıkmayacaktır.