Fizikalistler ve materyalistlerin sözünü kendi metodolojilerini esas alarak analiz edersek ulaşacağımız iddia madde dışı bir varlık bulunmadığıdır. Çünkü madde dışı bir varlık bulunmamaktadır. Yani sarfettikleri sözün ve izledikleri yöntemin icabı kabul edilebilecek tek sebep, iddialarını kendi iddialarıyla ispatlamak istemeleridir. Diğer bir ifadeyle, başlangıçta varlığın bir türden fazla olmadığı ve onun da duyusal olduğu önermesini kabul etmişlerdir. Çünkü bilginin hasıl olabilmesi için duyu aracının yeterli ve herşeye kâdir olduğunu ve tüm gerçekliği anlayabileceğini iddia etmektedirler. Oysa duyunun sadece duyusal şeyleri idrak edebileceğini biliyoruz. Öyleyse materyalist ateistlerin yol ve yönteminin gereği, yalnızca duyusal ve anlaşılabilir şeyler vardır. Öte yandan araştırmalara göre evrende maddî ve fiziksel şeyler dışında bir şeyin mevcut olmadığı sonucuna vardıklarını iddia etmektedirler. Başka bir deyişle, göz boyama ve hokkabazlıkla evrende madde ve fiziksel şeyler dışında bir şey bulunmadığını ispatladıkları söylenebilir.
3. Tanrının varlığını ispatlayan aklî kanıtlar
Her ne kadar bazı düşünürler esas itibariyle ispat görevinin Tanrıya inananlara değil natüralistlere ait olduğuna inanmaktaysa da her halükârda Tanrının varlığını ispat eğer kesin biçimde yapılıyorsa fizikalistlerin iddiası kesin olarak yanlışlanmış olacaktır. Şöyle ki, Tanrının varlığının ispatlanmasıyla aslında madde ve fizik dışı bir varlığın mevcut olduğu ispatlanmış olmaktadır ve bu da fizikalizmin iddiasının aksinedir. Öyleyse Tanrının varlığını ispatlayan kanıtlar doğrudan ve kesin olarak fizikalizmin iddiasının doğru olmadığına açıklık kazandırmaktadır. İslam felsefesinde Farabî, İbn Sina, Hâce Nâsıruddin Tûsî, Molla Sadra gibi Müslüman düşünürler tarafından gerçekleştirilmiş kıymetli işlerden biri, Allah'ın varlık ve sıfatlarının ispatlanmasıdır. O kanıtların zikredilip açıklanmasına bu makalenin hacmi yetmez. Bu yüzden okuyucular bu kanıtları güzelce aktaran ve inceleyen kitaplara müracaat edebilir.
4. Madde dışı ruhun varlığının aklî kanıtlarla ispatı
Ruh veya nefis ya da günümüzdeki ifadesiyle “zihin” madde dışı bir varlığa sahiptir. Fizikalistler ise madde dışında hiçbir varlığı kabul etmeye yanaşmamaktadır. Bu yüzden, varlığı fizikalistler ve natüralistler tarafından inkar edilen şeylerden biri de insanın ruh ve nefis alanıdır. Onlar insanın vücudunda beyinden bağımsız “zihin” adı altında bir şeyin varlığını kabul etmez ve onu beyinle aynı şey sayarlar. İçlerinden kimileri mutluluk, üzüntü, idrak, düşünce gibi ruhsal halleri insan davranışlarına ve beyin faaliyetlerine indirgemekte ya da bunları tıpkı bir yazılım gibi insan beyninin işlevi telakki etmektedir. Ruhun varlığı ve insanın ruhanî halleriyle ilgili bu olumsuz tavrın karşısında İslam düşünürleri, aklî ve felsefî kanıtlarla Allah'ın varlığını ispatlamaya ilaveten soyut ve madde dışı ruh ve nefisin varlığını da kesin çıkarımlarla kanıtlamışlardır. Bu kanıtları ayrıntılı olarak aktarmak bu makalenin hacmini aşıyorsa da onlara kısaca değinmek gerekir:
a) Bilgiyi soyutlama yoluyla soyut nefsin ispatı
Huzurî (sezgisel) ilimle bilgili ve haberdar olduğumuzu anlamaktayız. Huzurî (sezgisel) ilmin doğrulamalarından biri, “ben”i huzurî (sezgisel) ilimle anlamamız, fakat bedeni duyu organlarıyla tanımamız gerektiğidir. Öyleyse “ben” (= nefis ve ruh) bedenden başka bir şeydir. Başka bir ifadeyle her insan kendi içinde bilgi ve şuurdan nasiplenmiştir ve bilgi, maddi özellikleri bulunmadığı, genişleme ve bölünmesi olmadığına göre soyut bir şeydir. Bilgi soyutsa o bilgiyi algılayan da soyut olmalıdır. Çünkü soyut bir şey maddi olan şeyde çözünemez. Diğer bir deyişle, bilgiyi algılayan maddi olursa bilgi de maddi konuma bağlı olarak uzam ve bölüm gibi maddi özellikler taşımak zorundadır. Halbuki bilginin uzam ve bölünme özelliği yoktur. Öyleyse insanda bilgiyi algılayan soyut bir nefis vardır.
b) İnsanın içsel hallerini ispatlama yoluyla soyut nefsin kanıtlanması
İnsanın içinde mutluluk, korku, aşk, sevgi, öfke, üzüntü gibi haller vardır ve bunları huzurî (sezgisel) ilimle idrak eder. İnsanın deruni halleri madde dışı şeylerdir. Çünkü uzam ve bölünme gibi maddi vasıflardan yoksundurlar. Maddenin dışında kalan haller de maddi bedenin parçaları olamaz. Şu halde insanın, maddi bedene ilaveten soyut hallerini taşıyan maddi olmayan boyutu da vardır.
c) “Ben”in bölünemezliği yoluyla soyut nefsin ispatlanması
“Ben”, huzurî (sezgisel) ilimle algılanabilen basit ve bölünemez bir varlıktır. Oysa bedenin organları sayılı ve bölünebilirdir. Öyleyse insan, bedenden ayrı madde dışında bir ruha sahiptir.
d) İnsanın “sabit ben”i ve kimliğin birliği yoluyla soyut nefsin ispatlanması