Buraya kadar anlatılanları özetlersek, yeni ateizm natüralizme dayanmaktadır. Natüralizm, maddecilik ve fizikalizm kavramlarını tanımlayıp mahiyetlerini anlatırken belirtildiği gibi bu ekollerin temel iddiası, varlık âleminde maddi, doğal ve fiziksel şeyler dışında bir şey bulunmadığıdır. Diğer bir ifadeyle, yeni ateistlerin Tanrının varlığına inançsızlıklarının ve ateizmi kabul etmelerinin sağlam (!) nedenlerden biri, madde, tabiat ve fiziksel durumlar dışında bir şey bulunmadığıdır. Bu sözün geçersizliğinin aşikar olduğunun ateizmin geçersiz ve yanlış olduğunu ortaya çıkardığı barizdir. Gerekli öncülleri zikrettikten sonra şimdi sıra, ateistlerin, varlıkları ve varoluşsal fenomenleri sırf maddi ve fiziksel şeylerle sınırlandırmanın doğru mu yanlış mı olduğunu anlamayı sağlayacak temellerini incelemeye gelmiştir. Eğer doğruysa Tanrının varlığını reddeden ve ateizmi ispatlayan prensipler olarak kabul edilebilirler. Ama böyle bir iddia yanlışsa Tanrının varlığını inkar etmek için öncül olarak telakki edilemezler.
1. Natüralizm ve fizikalizmin kanıtlanaması
Fizikalistler, natüralistler ve maddeciler için yerine getirilmesi gereken ilk iş iddialarını ispatlamaktır. Öne sürdükleri “Evrende madde, tabiat ve fizik durumlar dışında bir şey mevcut değildir” iddiası bir tür bilgi ve epistemedir. Epistemolojide sözkonusu edilen bahislerden biri, bilginin değeri ve geçerliliği meselesidir. Bilgilerin geçerli olabilmesinin kriteri de, epistemolojide bilginin doğruluğu ve meşruluğu meselesi olarak incelenen gerçeğe uygunluktur. Bir bilginin, gerçeğe kesin olarak mutabık olduğu takdirde değeri ve geçerliliği vardır. Bilgi ve epistemede hüküm mevzuya nispet edilmektedir. Mesela “Hava soğuk” denildiğinde soğuk olma durumu havaya nispet edilmiştir. Diğer bir deyişle hava ve soğukluk arasında eşitleme kurulmuştur. Bu durumda eğer bu eşitleme doğruysa bilgi kesin olarak gerçekliğe uygun demektir ve epistemolojik değer taşıyacaktır. Bilgiler de iki kısımdır: Bir bölümünün zaten kendisi barizdir. Bunlarda özne ile yüklemin birliği ispatlamaya ihtiyaç duymaksızın küçük bir düşünme ile kavranabilir ve kabul edilir. Mesela “A, A'dır” veya “Her tümel kendi tikelinden büyüktür” ya da “İki çelişenin birarada olması imkansızdır” önermeleri açık ve barizdir. Her sağlıklı akıl, bu bilgilerde özne ve yüklemin birliğinden emindir ve delile ihtiyaç duymaksızın onları kabul eder. Bilgilerin diğer bölümü açık ve bariz değildir. Ama bariz olmayan bu bilgiler kesinlik kazanabilir ve geçerlilik kazanabilir. Açık olmayan bilgilerin geçerliliği çıkarımlarla kanıtlanmasına bağlıdır. Birincisi, öncülleri ya barizdir ya da bu öncüller bariz ve kesin başka öncüllerle ispatlanmışlardır. İkincisi, açık olmayan bilgiyi ispatlayacak çıkarım şekli de kesin olmalıdır. Yani çıkarım şekli ya bariz olmalı ya da bariz bir çıkarım şekliyle ispatlanmış bulunmalıdır. Bilginin geçerlilik ve değerini gösteren kriter belli olsaydı fizikalizm, natüralizm ve maddeciliğin iddiasının peşine düşerdik. Diyorlar ki, “Evrende madde, tabiat ve fiziksel durumlar dışında bir şey mevcut değildir.” Bu bir bilgidir ama kesinlikle bariz bilgi türünden değildir. Çünkü aklın kısa bir düşünmesiyle kabul edilebilir değildir. Öyleyse bu iddia ispatlanmaya muhtaçtır ve onun taraftarları bu iddiayı başka kesin bilgilerden yararlanarak kanıtlamalıdır. Başka bir ifadeyle, yeni ateistler karşısında diyoruz ki: “Evrende madde, tabiat ve fiziksel durumlar dışında bir şey mevcut değildir.” önermesini nereden çıkardınız? Fizikalist, natüralist ve maddeciler iddialarını kanıtlamamış olduklarına göre bu durumda ilk önemli sorun, iddialarının ispatlanmamış ve delilsiz olduğudur.
2. Çürük epistemolojk prensipler