Natüralistler ve fizikalistlerin ateizmi meşrulaştırmak için attığı diğer adım ruhun hakikatini reddetmektir. Onlar, insanın bütün hakikat ve niteliğinin onun maddi bedeninden ibaret olduğuna; et, deri ve kemikten başka bir şey olmadığına inanmaktadırlar. Tabii ki erken dönem kelam ve felsefe geleneğinde insanın diğer alanını tarif etmek için ruh veya nefis kavramı kullanılıyordu. Ama modern zamanların araştırmaları ve yazılarında zihin ve bazen de beyin, geçmişe ait farklı sonuçlar ve bakış açısının prensiplerinden etkilenmiş nefis ve ruh kavramlarının, derunî durumlar ve ruhsal hallerin yerini aldı. Ruhu reddederken muhtelif yaklaşımlar ve tavırlar oluşmuştur. Bazıları davranışsalcılık adıyla meşhurdur. Bunlar, insanların, günlük dil ve diyaloglarda davranışlarını betimlemek için nefis ve beden kavramlarını ve özelliklerini kullansa da bunun, aslında nefis adında bir şeyin mevcut bulunduğu anlamına gelmeyeceğine, bilakis var olan şeyin insan davranışı olduğuna inanmaktadır. İnsan esas itibariyle harici davranışlar bütününden ibarettir; bundan ne fazlası, ne de ötesi vardır. Ruhu inkar edenler, diğer bir yaklaşımda, fizyoloji ve nöroloji araştırmalarından elde edilmiş sonuçları kullanarak zihin ve beynin aynı şey olduğu sonucuna vardı. Zihinsel veya ruhsal durumları beynin hallerinden başka bir şey kabul etmediler. Beyin de fiziksel ve maddi bir şey olduğuna göre ruhsal veya zihinsel olarak adlandırılan haller maddi şeyler olarak telakki edildi. Nefis konusundaki bir diğer tavır, insanı, maddi bedeni ve onun sergilediği davranışlar dışında bir şey görmeyen davranışsalcılık adını alır. Bunlar, insan davranışlarının ötesindeki nefis isimli şeyi araştırmayı yanlış sayar ve onu, Oxford Üniversitesi'ni görmek için kendisine sınıfların ve diğer kısımların gösterildiği, ama onun bunları gördükten sonra yine de “Oxford Üniversitesi'nin kendisi nerede, bana onu gösterin?” sorusunu sorduğu kişinin düştüğü hataya benzetirler. Bu yaklaşımda zihinsel tüm haller, insanın belli bir davranışına denk kabul edilmektedir. Mesela ağrısı olmanın, inleme ve ağlama, memnuniyetin de gülümseme ve enerjik davranma olması vs. gibi. Başka bir grup ise işlevselciliği ortaya atarak zihinsel hallerin davranışsal durumlara denk düştüğünü kabul etmemiştir. Fakat onlar da dolaylı olarak bu halleri insan davranışlarına rücu ettirmiş ve bunları zihnin işlevine indirgemiştir. Öyle ki onları, beyindeki donanım aracılığıyla kontrol edilip çalıştırılan yazılım gibi görmektedirler.