Antik dönem materyalizmi ile modern zamanların natüralizm ve fizikalizmi arasında bulunan ve bu sayede yeni ve eski ateizm arasındaki ayrımı ortaya çıkaran diğer bir fark, antik Yunan'daki maddecilerin çok daha basit izahla Tanrıyı ve maddi olmayan şeyleri inkar etmelerine karşın yeni natüralist ve fizikalist bilim insanlarının evrim, kuantum, çeşitli bilimsel ve felsefi açıklamalar gibi deneysel araştırmalar ve bilimlerin sonuçlarını kullanarak Tanrının varlığını inkara ve dini inançlarla mücadeleye odaklanmalarıdır. Mesela bazı kuantum fizikçileri, elektronun konumu, hız ve hareketini hesaplayıp açıklamada zorluk yaşıyordu. Bu yüzden bu konuların net ve kesin olarak belirlenmesinin mümkün olmadığı sonucuna vardılar. Kesinliğin olmayışı onları bu durumları tesadüfi görmeye mecbur bıraktı. Tesadüf kararın varılmasıyla da nedensellik bir kenara atıldı. Nedensellik ilkesi Tanrının varlığını ispatlayan kanıtlarda önemli bir rol oynadığından nedenselliğin inkar edilmesiyle Tanrının varlığını ispatlayan kanıtlar çürümeye terkedilmiş olmaktadır. Bu yüzden Tanrının birliği, yaratıcılık ve rab oluşu da zaafa uğramaktadır. Kimi evrim biyologları bile birtakım araştırma ve izahlara dayanarak varlıkların ortaya çıkışını nihayetinde bir veya birkaç hücreye rücu ettirmektedir. Bu yoldan da teleolojik sebebi inkar etmekte ve ateizm sonucunu çıkarmaktadır. Bazı gökbilimciler de ‘büyük patlama’ (big bang) teorisine esas alarak evrenin oluşumunu maddi biçimde açıklamakta, evrenin büyük patlama sonucunda, kendiliğinden ve hiçlikten doğduğuna inanmaktadır. Böyle olunca da bir yaratıcıya ihtiyaç kalmamaktadır.
Kimileri de yeni ateizmin doğuşunun köklerini, aydınlanma çağında bilimde meydana gelen gelişmeler karşısında dini savunmak için doğa felsefesine yönelerek sarfedilen büyük gayrette bulmaktadır. Buna göre Tanrının tanınması ve ispatlanması, kişileştirilmemiş doğayı ve düzen kanıtını temel alarak gerçekleştirilmekteydi. Halbuki dinlerin inancında bahsi geçen Tanrı, kişi sayılmakta, dindarlar dinî öğretileri itibariyle onunla şahsen karşı karşıya gelmekte, dualarında ona hitap etmekte ve ondan yardım istemektedirler. Diğer bir ifadeyle, dini savunmada bilimi temel alma ile bilime karşı çıkma âfetlerinden biri, din ve dinî inançların tedricen doğa bilimlerinin ve deneysel bilimlerin kurallarına kabul etmeye mahkum olması ve olmaya devam etmesi, nihayetinde de bilimsel kriterlerle değerlendirmeye tâbi tutulması ve hakemliğe boyun eğmesidir. Bu işin sonu dinin siyasetten ayrılmasına veya gizli şirke ve neticede de ateizme varacaktır.
Natüralizmin çeşitleri
Natüralizm metodolojik ve ontolojik olmak üzere iki çeşide ayrılmaktadır. Bazen natüralizmden maksat, doğayı tanımak, ona hâkim yasaları keşfetmek ve doğal fenomenleri betimlemede tabiata egemen yöntemden yararlanmayı ve deneysel olmayan metotları kullanmaktan kaçınmayı gerektirir. Natüralizmin bu türüne metodolojik natüralizm adı verilmektedir. Buna göre tabiatı açıklamanın en iyi yolu, aralarında kütlenin ve deneysel bilimler camiasında kabul görmüş başka fiziksel ve kimyasal özelliklerin de bulunduğu maddi ilkeleri kullanmaktır. Doğal fenomenlerin sebeplerini tespit edebilmek, hadiseleri betimleyip açıklayabilmek ve sorunları çözebilmek için tüm dikkati doğal nedenlere vermek ve bu yolda tabiatın dışındaki şeylere odaklanmaktan kaçınmak gerekir.
Natüralizmin böyle anlaşılması Tanrı varlığı konusunda suskun ve tarafsızdır. Esas itibariyle denebilir ki Tanrının varlığı meselesi mevzubahis değildir ve tek düşünce, doğal meselelerin en iyi şekilde çözümlenmesi için tüm gayreti doğadaki sebep ve etkenleri incelemeye sarfetmek gerektiğidir. Başka bir ifadeyle, metodik natüralizmde ana kaygı ve önemli olan, tabiatı öğrenme ve anlamanın metotlarıdır. Bunun anlamı şudur ki, bilimsel (deneysel) çabaların hepsini -hipotezler ve olayların tamamı- doğadaki sebep-sonuçların yanına koyarak değerlendirmek ve izah etmek gerekir. Buna göre natüralistler, tabiatın ortaya çıkışını ilahî bir pratik olarak ele almaz. Bilakis tabiat kanunlarının deneysel araştırması için bir çerçeve oluşturmanın peşindedirler sadece. Bu açıklamaya uygun biçimde metodolojik natüralistler Tanrıyı inkar ve ateizme mecbur değildir. Kişi metodolojik natüralizme inanarak da Tanrıya inanç duyabilir. Bununla birlikte kimi düşünürler bu konuda tereddütlüdür. Onlara göre bu tür bir natüralizm her ne kadar açıkça ve doğrudan Tanrının varlığını reddetmese de dolaylı olarak ve zorunlu çıkarım yoluyla ateizme zemin hazırlamaktadır. Buna ilaveten, Alvin Plantinga ve Timothy Williamson gibi çok sayıda bilim insanı metodik natüralizmi sert biçimde eleştirmiş ve tekzip etmiş, hatta onu bilimin düşmanı olarak bile göstermişlerdir.