Bazen de natüralistler metodolojik yaklaşımın bir adım ötesine geçip felsefi ve metafizik teorilerin sonuçlarına dayanarak ruh, cinler, melekler, Tanrı gibi doğa ötesi ve madde dışı hiçbir varlığın gerçekliği bulunmadığını, tabiat için hedefi olan bir başlangıç ve akıbet düşünülemeyeceğini ilan etmişlerdir. Natüralizmin bu anlamına metafizik veya felsefi natüralizm adı verilmektedir. Natüralistler her ne kadar felsefeye ve ondaki tümel kavramlara muhalifse de onların bu öğretisinin kendisi bir tür felsefe ve metafiziktir.
Ateizmin natüralizmden çeşitli çıkarımları
Natüralistler ve fizikalistler çeşitli yollardan ateizme varmaktadır. Tanrının varlığı meselesi ve diğer dinî inançlarla çelişki halindeki fizikalist ve natüralist izahları genel olarak dört başlık altında toplamak mümkündür: 1) Tanrının varlığını inkar, 2) Ruhun varlığını ve insanın iki alandan oluştuğunu inkar, 3) İnsandaki madde dışı halleri inkar, 4) Âhiret âlemini ve yeniden dirilişi inkar. Bu makalede konu kısaca ele alındığından sadece ilk iki başlık incelenecektir.
1) Tanrının varlığını inkar
Ateist natüralistler ve fizikalistlerin peşinde olduğu önemli işlerden biri, Tanrının varlığını ve bunu ispatlayabilecek dayanakları çürütmektir. Tanrının varlığını inkar önemlidir, çünkü Tanrıya inanç bir kenara atıldığında her türlü din ve dinî inanç da ortadan kalkmış olacaktır. Doğa ve fizik bilimlerinden çıkardıkları temel ilkeye göre varlık âleminde madde dışı ve fizik dışı hiçbir şey bulunmadığını öne sürmektedirler. Bu kural Tanrının varlığını da kapsamaktadır. Diğer bir ifadeyle, Tanrının varlığı görülebilir ve duyularla hissedilebilir olmadığından ve insan yalnızca duyusal ve fiziksel olan şeyleri idrak edebildiğinden bir Tanrının mevcut olduğuna inanılamaz. Bu çıkarım, epistemolojide deneysel ve duyusal yaklaşıma dayanmaktadır. Buna göre bilmenin tek yolu duyu ve deneyimdir. Var olan her şey duyu araçlarıyla hissedilebilmelidir. Pozitivizm olarak bilinen bu görüş, ortaya çıktığıdan beri birtakım değişiklikler geçirmişse de ve hatta kendi taraftarlarınca bile eleştiriye uğrayarak radikal ve aşırı bir yaklaşımla -tecrübenin incelenebilir ve denenebilir olmasını onun bilimselliğine ve gerçekliğine kriter saymakla- daha zayıf bir yaklaşımla doğrulanabilir olma ve nihayetinde de yanlışlanabilir olmaya varsa da her halükarda deney yöntemiyle yanlışlanamaz olan ve madde dışında kalan şeyleri anlamsız, önemsiz ve gerçek dışı telakki etmektedir. Buna dayanarak bazı ateistler, dinî inançlar ve ilahiyatları yanlışlanamaz özellik taşımaları nedeniyle anlamsız ve gerçek dışı bularak irrasyonellik sonucuna vardı.
2) İnsanın iki alandan oluştuğunu inkar; Tanrıyla irtibat imkanını ve yeniden dirilişi inkarın zemini