Maddecilik ve materyalizm kavramını tarif ederken değinildiği gibi, maddecilik düşüncesi, evreni maddeden başka bir şey kabul etmeyen antik Yunan'da ortaya çıkmıştır. Bu tarz düşünceyle maddi olmayan her türlü varlığın inkar edilmesi doğaldır. Maddi varlıklardan başka bir varlığın mevcut olabileceğini kabul etmeyen kişi, kesinlikle Tanrının, meleklerin, âhiret âleminin, cennet ve cehennemin, uhrevî hayatın varlığını da inkar edecektir. Çünkü bunların hepsi madde ötesi şeylerdir. Öyleyse tarih boyunca ateizmin prensiplerinden biri hep maddecilik olmuştur. Yani maddi olmayan ve madde ötesi her türlü varlığı inkar. Materyalizm ve maddecilik düşüncesi ateizm için esas köktür. Bu, ister kadim ateizm, ister yeni ateizm olsun bariz ve ortak ilkedir. Bu yönde farklı olabilecek tek şey, maddeciliğe bakış şekli ve ateizmin ondan çıkardığı sonuçtur. Antik Yunan maddecileri, materyalizmden, Tanrıyı ve yeniden dirilişi inkar etme sonucunu çıkarmıştı. Maddi olmayan her türlü varlığı inkar ettiklerinden, zorunlu olarak Tanrının varlığı, melekler, ahiret hayatı, cennet ve cehennem gibi diğer şeyleri de inkar ettiler. Modern zamanlarda da natüralistler ve fizikalistler madde dışı ve madde ötesi varlıkların varlığını kabul etmemeleri nedeniyle Tanrıyı kabul etmeye yanaşmıyorlar. Bu nedenle yeni ve eski ateistler bu yönden birbirine benziyor. Onları ayıran unsurlardan biri, eski ateistlerin tartışmalarını daha çok filozoflar ve teologlarla bağlantılı olarak ortaya koyması, buna karşılık yeni ateizmde natüralizm ve fizikalizmin ve evrim, big bang gibi başlıkların çeşitli medya organlarında genel muhataplar ve toplum katmanları için tartışma konusuna dönüşmesidir. Diğer bir ifadeyle, kadim maddecilikte ele alınan konular uzmanlık işidir ve düşünürler arasındaki diyalogla irtibatlıdır. Ama yeni ateistler, ateizmin insan toplumlarında olabildiğince fazla kabul görmesine zemin hazırlamak için bilim ve uzmanlık konularını bilimsel toplululardan ve akademiden dışarı çıkarmış, kamusal alana ve genele hitap eden medyaya sokmuştur.
Eski ve yeni ateizmin, Tanrı ve dini inkar etmek için bir prensip olarak maddecilik ve natüralizmi kullanmadaki farkını gösteren diğer bir nokta, çağdaş dönemde tıp, fizik, kimya gibi deneysel bilimlerin büyük ilerleme kaydetmesi ve bu gelişmenin de insan hayatına doğrudan tesir etmesi, bu konuda hızlı ve önemli değişimler sağlamasıdır. Tıp alanında bilim insanlarının başarısına şahidiz. Daha önce ölümlerin önemli sebebi olan ve insanların acı çekmesine yol açan pek çok hastalık artık tedavi edilebiliyor. Sanayi ve teknolojide büyük değişimler yaşandı. Bu sayede insan için görece maddi düzen, güvenlik ve asayişin mümkün olduğunu gözlemliyoruz. Baskı sisteminin bulunması, buhar makinesi, otomobil, tren, uçak, füze yapımı, savaş ve savunma silahları, su ve hava durumunu öngörmeyi sağlayan bilimin ortaya çıkması, makineleşme, mikro araç gereçler ve bunların üretimde kullanılması, kablolu ve mobil telefonlar gibi iletişim araçlarındaki değişim, bilgisayar, internet vs. hepsi çok da uzun olmayan zaman içinde meydana gelmiş değişimlerdir. Bunun aracılığıyla da insanın tabiatta mevcut hakikatleri keşfetmede doğal ve deneysel bilimlerde başarı kazandığı ve sorunları çözmek için ondan yararlandığı gerçeği kendini göstermiştir. Bu iş, hassasiyet, hesaplama, öngörü gücü ile, deneysel ve doğal bilimlerin ayrılmaz özelliği olarak tanınan planlamayla sonuçlanmış; bu yolla da kamuoyunu ve insan zihnini kendine hayran bırakarak çoğu insanın gözünde insanlığın tüm sorunlarını ortadan kaldırıp sorulara cevap vermeye güç yetirecek bir iksire dönüşmüştür. Modern deneysel bilimlerden doğan natüralizm ve fizikalizm, ateizmi savunup Tanrının varlığını, maddi ve fiziksel olmayan her türlü şeyi reddederek tarih boyunca insanın zihnini meşgul etmiş temel merak ve sorularından biri olan varlığın kökenine dair soruya cevap verme çabasındadır. Başka bir ifadeyle, çağdaş dönemlerde meydana gelen değişimlerle herşey deneysel bilimlerin lehine sonuçlandı ve bu da deneysel bilimlerin uzmanlarına kamuoyu nezdinde büyük itibar kazandırarak onların varlığın başlangıcı konusundaki görüş ve yorumunun insanlar tarafından kabul edilmesine yardımcı oldu. Böylelikle de çağdaş natüralizm ve fizikalizm, ateizmin meşrulaşmasına ve dinle mücadeleye kaynak oluşturdu.