Yeni ateistlerin karşı karşıya bulunduğu ikinci meydan okuma, “Evrende madde ve fiziksel durumlar dışında bir şeyin mevcut olmadığı” iddiasının hangi yol ve araçla elde edildiği sorusuna cevap verilmesi beklentisidir. Onları bu bilgiye ulaştıran araç, muteber bir araç mıdır? Ateistlerin epistemik aracı gerçekliği keşfetmeye güç yetirebilir mi? Ateistlerin söyleyecek sözünün bulunmadığı yer burasıdır ve yaptıkları iş topaldır. Fizikaliskler, natüralistler ve materyalistler bilgi edinmenin tek muteber yolunu duyu ve deneyle sınırlandırarak bu yolun kendilerini madde ve fizik durumlar dışında bir şeyin mevcut olmadığı sonucuna ulaştırdığını iddia etmektedirler. Bu iddiayı incelemek için epistemolojik tartışmaya girme ve bu bilgiyi kullanma zorunluluğu vardır. Bu bilimde muteber bilgiye ulaşmanın, özetle duyu, akıl, gözlem ve vahiyden oluştuğu söylenebilecek yolları incelenmiştir. Fakat gerçeği bulmada bu araçlar eşit değildir. Duyu aracının öncelikle gerçeği keşfetme ve anlamada kısıtları vardır ve tüm hakikati anlayamaz. İkincisi, bu araç tek başına ve aklın yardımını almaksızın gerçeği keşfetmede işi gerçekleştirmeye güç yetiremez. Üçüncüsü, duyu yoluyla elde edilen şey, tümel ve kapsayıcı kuralları açıklayamayacak tikel öğelerdir. Dördüncüsü, deneysel bilimlerin uzmanlarının da itiraf ve kabul ettiği gibi duyunun gerçekçiliğinde hata ihtimali vardır. Oysa akıl gerçeği bulacak güçtedir ve tümel kurallar ile hakikatleri keşfedebilir. Her ne kadar akıl aracında da hata ihtimali varsa da bariz çıkarımla açık doğru olan şeylere rücu etmeyi temel alan akıl vasıtasıyla ve huzurî (sezgisel) ilimlerin yardımıyla hatadan uzak durmanın yolları mevcuttur. Vahiy ve irfanî şühud aracı gerçeği aracısız keşfediyor olsa bile ve bu açıdan hayata düşmese ve kesin bilgiye ulaşsa da sorun, herşeyden önce bu aracın genellenemeyeceğidir. Vahiy peygamberlere özgüdür ve şühud da gereklerini yerine getiren kişiler içindir. İkincisi, keşif ve şühud habere dönüştüğü ve dile getirildiğinde artık hasıl olmuş bilgidir ve hatadan uzak değildir. Üçüncüsü, irfanî keşif ve şühud kişisel bir şeydir ve başkaları için muteber olamaz. Öyleyse hepsi üstüste konduğunda evreni ve Tanrıyı tanımaya başlamak için geriye kalan muteber tek araç akıl ve huzurî (sezgisel) ilimlerin kullanılması olmaktadır. Bu izahla anlaşılmaktadır ki fizikalistlerin evrende madde dışı şeylerin varlığını reddetmeye dayalı iddialarındaki bilgiyi edinmek için kullandıkları araç -yani duyu ve deney- çürüktür ve bizi kesin bilgi ve epistemeye ulaştıramaz. Bu nedenle bu araç gerçeği bulmada ve varlığı tanımada yeterli değildir. Duyu ve deneyin iddia edebileceği tek şey, filan mekanda duyusal bir varlığın bulunup bulunmadığıdır. Fakat aynı yerde duyusal olmayan ve madde dışı bir varlığın bulunmadığını iddia edemez. Bunun sebebi, duyusal olmayan bir varlığın bir mekanda bulunup bulunmadığını ispatlamak istersek duyudan başka bir araca muhtaç olmamızdır. Duyu aracının iddia etmeye hak sahibi olduğu şey, yalnızca, “Bir şey görüyorum” veya “Bir şey görmüyorum” ya da “Bir ses işitiyorum” ve “Herhangi bir ses işitmiyorum”, “Bir şeye dokunuyorum” ve “Hiçbir şeye dokunmuyorum”, “Bir koku alıyorum” ve “Hiçbir koku almıyorum”, “Tatları hissediyorum” ve “Hiç tat almıyorum” demesidir. Duyu aracının ifade ettiği bu cümlelere dair iki nokta hatırlatılabilir: Birincisi, duyu aracı yardımıyla bir varlığın mevcut olup olmadığı iddia edilemez. Çünkü onu görmüyoruz, işitmiyoruz, dokunamuyoruz, kokusunu alamıyoruz ve tadına bakamıyoruz. Neden? Çünkü sözkonusu varlık esas itibariyle duyumsanabilir değildir. Yani ne görülebilen, ne işitilebilen, ne dokunulabilen, ne tadına bakılabilen, ne de kokusu alınabilen bir varlıktır. Öyleyse, birincisi, aslında duyumsanamayan ve duyu ile algılanamayan birtakım varlıkların mevcut olması mümkündür. (Dikkat edilirse “böyledir” demedik, “mümkündür” dedik ve böyle bir şeyle ilgili imkan gündeme geldiğinde onun karşı tarafında da kesinlik sözkonusu olamayacaktır.) İkincisi, görme, işitme, dokunma, tatma, koklama ile duyumsanabilen varlıklar bulunsa bile insanın duyusunda sınırlılık olabilir ve bu duyumsanabilen varlıklar beşerî duyu aracıyla algılanacak şekilde olmayabilirler. Fizikalistlerin de kabul edeceği bir örnek vermek gerekirse, çeşitli ses dalgaları referans alınabilir. İnsan seslerin sadece belli dalga boylarını işitebilir. Ama evrende normal kulakla işitilemeyecek sesler vardır. Diğer durumlarda da (tatma, koklama, dokunma) böyledir. Şu halde öncelikle duyu aracı yalnızca duyumsanabilen varlıkların bilgisini edinebilir ve duyumsanamayan varlıklar hakkındaki bilgiyi elde etmek, duyu ve deney dışındaki araçlara ihtiyaç duyurmaktadır. İkincisi, duyumsanan varlıklar hakkındaki bilginin duyu aracıyla edinilmesinin de sınırları vardır. Bazı duyusal şeyler insanî duyu ve deneyle bilinemeyebilir. Üçüncüsü, duyu aracı varlıkların sınırlı kısmı hakkında bilgi üretirken dahi bağımsız değildir ve akla muhtaçtır. Yani duyu aracı, aklın müdahalesi olmaksızın bilmeye güç yetiremez. Başka bir deyişle, duyu aracı tek başına kesin bilgiye ulaşamaz ve bu iş için aklın yardımına ihtiyaç duyar.