Kur'an-ı Kerim'e bakıldığında duanın bağımsız olarak icabetin sebebi olabileceği ve bir hadisenin sırf duanın etkisiyle ve normal sebepler olmaksızın gerçekleşebileceği anlaşılacaktır. Kur'an'da, zâhiri sebepleri kullanmaksızın duanın bir şeyin gerçekleşmesinin sebebi olduğuna ilişkin bazı örnekler zikredilmiştir. Bunların arasında Hazret-i Zekeriya'nın (aleyhisselam) duası (هُنَالِكَ دَعَا زَكَرِيَّا رَبَّهُ قَالَ رَبِّ هَبْ لِي مِنْ لَدُنْكَ ذُرِّيَّةً طَيِّبَةً إِنَّكَ سَمِيعُ الدُّعَاءِ) (Âl İmran suresi, ayet 38) Allah'ın yaşlılık günlerinde ona bir evlat (Yahya aleyhisselam) lütfetmesini sağlamıştır. (فَنَادَتْهُ الْمَلاَئِكَةُ وَ هُوَ قَائِمٌ يُصَلِّي فِي الْمِحْرَابِ أَنَّ اللَّهَ يُبَشِّرُكَ بِيَحْيَى مُصَدِّقاً بِكَلِمَةٍ مِنَ اللَّهِ وَ سَيِّداً وَ حَصُوراً وَ نَبِيّاً مِنَ الصَّالِحِين) (Âl İmran suresi, ayet 39). Öyleyse bu konu Kur'an açısından inkâr edilemez. (Misbah Yezdî, 1382, s. 22). İlahî sünnetlerden biri, ne zaman maslahat gerektirse bir işin doğal mecra dışında gerçekleşmesidir. Bilim veya felsefe, Allah'ın sünnetinin, her doğal fenomenin sadece maddi ve normal sebep yoluyla meydana gelmesi şeklinde olduğunu nerede kanıtlamıştır? Bu nedenle mucizenin ve duaların tesirinin kanıtlanması, vuku bulan hadisedeki sebebin iptali anlamına gelmez. Bilakis insanların genelinin bildiği sebeplerin ötesinde bir sebebin kanıtlanması manasını taşır. Allah, doğal sebeplerin ötesine geçip her şey üzerinde tasarrufta bulunmaya kâdir olduğuna göre her zamanki ve alışılmış yasalarla aklen bir çatışma yoktur. (Bkz: Tabâtabâî, 1417 Kameri, s. 73-77). Allah eğer bir hakikati doğrudan veya enbiya ve evliya aracılığıyla aşikâr etmek amacıyla tabiat düzenine müdahale eder ve tasarrufta bulunursa hiçbir akli sorun ortaya çıkmayacaktır. Bir sonuç için ne zaman doğal bir sebep bulamıyorsak ya bizim tüm doğal sebepleri tanıma konusundaki cehaletimizdendir ya da o sonucun doğal değil, doğa ötesi sebepleri bulunması nedeniyledir. Dolayısıyla doğal sebeplerden yoksunluk, mutlak anlamda sebepten yoksunluk anlamına gelmez. Bilakis nihayetinde maddi sebeplerin yokluğuna delalet eder. (Subhanî, 1425 Kameri, c. 1, s. 26). Şehid Mutahharî'nin tabiriyle, bir yasanın iptali ile bir yasanın başka bir yasaya hükmetmesi arasında fark vardır. (Mutahharî, 1420 Kameri, s. 461). Daha üst yasalar, aşağıdaki kanunları kısıtlar. Aşağı seviyedeki doğal yasalara alışmış kimseler için aklı hayrete düşüren bir şey akla aykırı görünecektir. Bundan dolayı nedensellik ilkesinin kabulü, her konuya özgü sebeplerin kabul edilmesinden ve bir sebebi bilinen sebeplere münhasır görmekten farklıdır. Bu da tartışma konularında karışıklığa yol açmaktadır. Diğer bir ifadeyle, varlık düzeni her ne kadar nedensellik kanunu eksenine otursa da hiçbir fenomenin sebebinin, bulunmadığı takdirde sonucun gerçekleşmesinin muhal olacağı, bilinen sebeplere münhasır görülemeyeceğine dikkat etmek gerekir. Aksine bilinmeyen başka bir sebep veya sebeplerin o sonuç için var olması mümkündür ve onun ortaya çıkmasını sağlayabilir. Hepsi de bilinmeyen ve alışık olunmayan sebepler yoluyla gerçekleşmiş peygamberlerin mucizeleri ve evliyanın kerametleri bu kabildendir. (Bkz: Allame Tabâtabâî, 1370, s. 75 ve devamı; Cevadî Âmulî, 1386, c. 3, s. 358). Sonuç itibariyle Allah Teala, feyzini sözkonusu düzen doğrultusunda iki yoldan tahakkuk ettirir: 1) Allah'ın şefkatine konu olan sebepler ve vasıtalar. 2) Normale aykırı (nedenselliğe aykırı değil) kimse veya şeyin aracılığı. Yani bizzat Allah tam sebeptir ve normal sebeplerin müdahalesi olmaksızın kendine has feyzi feyz bekleyene ulaştırır. Akılcı ilimler birinci yolu izler. Gerçi duada tamamen gözlemlendiği gibi, ikinci yol da felsefe ve kelamda reddedilmemiştir. Bundan dolayı tüm şeylerin suduru ve zuhuru Allah'tandır. (Cevadî Âmulî, 1372, c. 22, s. 367).
Tahkik ve tenkit
Yukarıdaki açıklamaya göre bazı doğal sonuçlar için doğa ötesi bir sebebe inanmak gerekmektedir. Böyle bir şey aklen bâtıldır. Çünkü sebep ve sonuç, meşhur akılcı kurala göre birbiriyle aynı kategoride olmalıdır. Sebep ve sonucun kategorik birliği ilkesi, doğal sonuçlar için doğal sebepler kabul etmemizi gerektirir. Her bir sonucun ortaya çıkışını belli bir sebebe bağlamak mümkün değildir. Böyle bir şey aklen kabul edilemezdir ve karmaşaya neden olur. Bunun sonucu, her bir hadiseyi tahmini, bilinmeyen ve o hadiseyle uyumsuz bir şeye nispet etmek olacaktır.