İkinci husus da şudur: sözü geçen istidlalde insan hakikatinin cevheri veya ilahi ruhu teşhis ve tanıma meselesi de ondan ayırt edilmiştir. Oysa bu husus üzerinde düşünülmeye değer bir konudur. Kur'an ruhun hakikatinden bahsederken sözü kısa kesmekte ve insanoğlunun kapasitesini bunun için yeterli görmemektedir. İnsanın bu konuda çok az bir bilgiye sahip olduğunu belirterek uyarmaktadır. Kur'an ruhtan söz ederken onu emir (''yaratılış'' silsilesinin aksine) hakikati kapsamında değerlendirmekte ve buna hakim mantığın da ''ol deyince oluverir'' şeklinde açıklamaktadır. Yani insanoğlu ile ilgili yaratılışta yer alan aşama, kurallar, koşullar ve zorunluluklar söz konusu değildir. Allah'ın ''emri'' ve ruh ki ondandır, bedenlerimizle sınırlandırılamadığından insanın bilgi ve mantık kapasitesini aşmaktadır. Bundan dolayı, insan tarafından anlaşılması pek mümkün değildir. Bu iki husus dikkate alındığında ''ruh''un islami psikolojinin konusu olamayacağını belirtmeliyiz.
Nefis Faraziyesi
Diğer bir gurubun düşüncesine göre, islami psikolojinin inceleme konusu ''nefis'' olmalıdır. ''Nefis''ten söz ederken artık ''ruh''u salt fizik ötesi bir hakikat olarak ele almayacağız. Bundan sonra ruh bedenle olan ilişkisi kapsamında ele alınacaktır. Çünkü psikoloji bu anlamda -nefis bilimi veya ilmu'l-nefs olarak- nefsin her iki yönü olan üstün ve aşağılık yönlerini inceleyecektir. Zira beden ve ihtiyaçları söz konusu olduğundan artık salt yüce işlerden söz etmek mümkün olmayacaktır.
Ancak ister istemez şu soru karşımıza çıkmaktadır: ''Nefsi'' islami psikolojinin konusu olarak seçmenin nedeni nedir? Bunun nedeni şu olabilir: Kur'an ruhtan söz ederken çok kısa kestirmekte ama nefisten söz ederken onu çeşitli yönleriyle zikretmektedir. Nefsin emmare, levvame, mutmainne gibi mertebeleri ve her mertebeye ilişkin özelliklerinden söz etmektedir. Bununla birlikte, rivayetlerde de insanı nefsini tanımaya davet eden çeşitli uyarılar vardır. Bunun olabilirliği sadece mümkün gözükmemiş aynı zamanda diğer bilimlerden de daha önemli olduğu belirtilmiştir.
İslami kaynaklarda, nefisten söz edildiğinden şüphe yoktur. Ancak bu sebeple nefis bilgisini, tecrübi bir bilim dalı olan psikoloji ile eşdeğer tutmak mümkün müdür? Eğer böyle ise, nefis bilgisinden kastedilen felsefi anlamda sözü edilen ''ilm'ul-nefis'' midir? Yoksa onunla kastedilen felsefi ''marifatu'l-nefs'' midir? Yoksa ondan kastedilen irfan anlamındaki ''marifatu'l-nefs'' midir? Bu ikisinden hiçbiri, islami psikolojiyi tesis etmek için yeterli değildir. Eğer marifet-i nefisten -nefis bilgisi- kastedilen felsefi anlamdaki ilm'ul-nefis ise nefsin soyut, hadis ve kadim oluşundan, nefsin kuvveleri vb konulardan söz edeceğinden psikoloji bilimi ile eş anlama gelmeyecektir. Aynı şekilde, irfani marifatu'l-nefs yaklaşımı ile alanını, nefsin mahiyeti ve soyut oluşunu konu edinen teorik felsefeden ayırarak nefsi tanımak için seyr-i sülük yöntemini ortaya koymaktadır. Müslüman filozofların felsefi yaklaşımlarında yer alan marifatu'l-nefs ile islam ariflerinin irfani anlayışlarında yer alan marifatu'l-nefs'in modern psikoloji bilimindeki teorilere alternatif olarak -davranışçılık ve bilişsel psikoloji gibi- islami psikoloji olabileceğini düşünen kimseler kuşkusuz yanılgıya düşmüşlerdir. İslami psikoloji, bu anlamıyla modern psikoloji bilimindeki teorilerle ortak bir paydaya sahip değildir. Çünkü iddiaları aynı türden olmayacağı gibi elde edecekleri sonuçlar da aynı olmayacaktır. Modern psikoloji biliminin iddiaları, bütün deneyimlerden elde edilen verilerin bir araya toplanması sonucu elde edilebilmektedir. Ancak felsefi ilm'ul-nefis ile irfani ilm'ul-nefisteki iddialar bu şekilde değildir. Söz konusu iddialar sırasıyla daha çok akli istidlal ve bireysel şühûd şeklinde temel rol oynamaktadırlar. Birincisinin yöntemi tecrübi olan modern psikolojinin yöntemi ile tamamen farklıdır. İkincisinin yönteminde, şühûd bir tür tecrübi yöntem olarak kabul edilmekle birlikte ispatlanması veya başkalarına intikali mümkün değildir.
Bundan haraketle, ilmu'l-nefis veya marifatu'l-nefis islami psikolojisinin konusu olamaz. Elbette, kimileri nefis hakkındaki bu tür bilgileri islami psikolojinin ''belirlenen ilkeleri'' kapsamında ele alabilir, ancak islami psikolojinin ''konusu'' olarak belirleyemez. İslami psikoloji bu bağlamdaki ilkelere dayaranak, sahip olduğu kavramlar, açıklama yöntemleri ve islamın insan tanımına ilişkin varsayımlarını esas alarak birey hakkında ne tür bir bilgi sunmaktadır? Bu yolla elde edilen tanımanın kendisi, nefsi tanıma alanlarından biri olmakla beraber felsefi ilm'ul-nefis ve irfani marifatu'l-nefis alanlarından farklıdır. Genel bir kavram olması ve herkesi kapsamasından dolayı felsefi ilm'ul-nefis, irfani marifatu'l-nefs ve modern psikoloji onun kapsamı içerisinde yer almaktadır.