8. Orta çağların düşüncesinde Tanrı ilk sebep, dünyanın kudretli ve âlim yaratıcısı, doğayı sürekli idare eden rab kabul ediliyordu. Varlık hiyerarşisinin en üst basamağındaydı. İnsan da yaratılmışlar âleminin merkezi ve ekseni; tabiat ise beşerin varlığına tabiydi. Bu dünya da beşer varlığına tabi olarak ve ona hizmet için yaratılmıştı. Lakin modern çağda bilim ve dinin bu tasviri altüst oldu, birçok özellikleri sorgulandı ve modern bilimsel buluşlar önceki pek çok teoriyi iptal etti. Birtakım teorilerin dayanağı olan kilise ve dinin düşünceleri sorgulanır oldu. Sonuçta kilise modern bilimi olumsuzlayıp reddederek eski teorileri savunmaya koyuldu. Buradan itibaren batıda bilim ve din karşı karşıya geldi ve ikisi arasındaki çekişme başlamış oldu.
Onaltıncı yüzyılda Nicolaus Copernicus (1473-1543), yeryüzünün ve yıldızların güneşin etrafında döndüğünü esas alan, matematiksel açıdan Batlamyus'un yer merkezli teorisinden çok daha basit ve gözlemlerle de uyumlu güneş merkezli modelini ortaya attı. Onyedinci yüzyılın başlarında Johannes Kepler (1546-1601), Kopernik'in gündeme getirdiği matematiksel uyuma büyük destek verdi. Kepler, “geometrik mükemmelik”i, yıldızların matematiksel açıdan tamamen dakik bir yörünge izlemelerinin delili kabul ediyordu. Bu görüşte önemli olan, Aristo'nun bahsettiği nitel ilişkiler değil, nicel ilişkilerdi.
Galileo Galilei (1564-1642) matematiksel stratejiyi deneyselcilikle sentezledi. Onu modern bilimin kurucusu olarak adlandırdılar. Çünkü modern metodolojinin ayırt edici özellikleri ilk kez onun eserlerinde belli bir sistem ve faydalı bir kullanıma kavuştu.
Galileo'nun çalışması birçok konuyu sorgulamaya davet ediyordu: Din kurumunun Batlamyus'un takiçisi bilimadamlarının insafsız güç ve nüfuzunu kötüye kullanmasından tutun, teologların Kitab-ı Mukaddes'ten bilimsel hakikatleri çıkarmak için faydalandığı kendine has metoda kadar.
Galileo'nun tartışmaya açtığı konuların en önemlilerinden biri, dış dünyanın bilimsel izahıydı. Kilisenin de kabul ettiği eski metod teleolojik izahtı. Ama Galileo ve onunla aynı yolda yürüyenler betimleyici izaha önem verdiler. Galileo nesnelerin neden düştüğünü sormuyor, bunun nasıl olduğunu soruyordu. O, fenomenlerin nasıl oluşup geliştiği kadarıyla yetiniyor ve artık gayeleri araştırmıyordu. Galileo, aşkın gücün işlerindeki maksat ve gayeye burnumuzu sokamayacağımıza, ama varlığın incelikli karmaşıklığını ve bunun nasıl yapıldığını araştırabileceğimize inanıyordu. Bunu temel alarak bilimadamlarının dikkati, orta çağlarda ilgi çeken nihai sebeplerden, etken sebeplere yöneldi.
Modern buluşlar, bilimadamlarının ciddi ilgisini bilim-din ilişkisine yöneltti ama bu, kilisenin şiddetli tepkisini de beraberinde getirdi. Onyedinci yüzyılın başlarında, 1616 yılında Roma Katolik kilisesinin kutsal konseyi güneş merkezlilik teorisini mahkum etti ve onu Kitab-ı Mukaddes'e aykırı ve bâtıl saydı. Copernicus'un kitabı da yasak kitaplar listesine girdi ve kilise Galileo'ya Copernicus'un teorisini bırakma talimatı verdi. Ama o, kendi görüşünde ve Copernicus'un görüşünü desteklemede ısrarcı oldu. 1633 yılında 63 yaşındayken mahkemeye çıkartılarak bâtıl konuları öğretme suçlamasıyla günahkâr ilan edildi ve ömrünün geriye kalan sekiz yılını evinde tutuklu geçirdi. Böylece bilim ve din arasındaki savaş ciddiyet kazandı, bu sebeple de çözüm üzerinde düşünmek gerekiyor. Bu arada Galileo da Kitab-ı Mukaddes'in teviline ve din ile bilim alanlarını birbirinden ayırmaya yönelmişti. İnançlı bir Katolik olan Galileo, bu savaşı zihninde, Kitab-ı Mukaddes'in bilimsel hakikatlerden sözetmediği, bilakis insanın kurtuluşuyla ilgili manevi bilgiler verdiği şeklinde yatıştırabildi. Çünkü bu hakikatler akıl ve çıkarımı aşıyordu, gözlemle keşfedilemezlerdi. Kitab-ı Mukaddes'te bilimsel konulardan bahsedilmişse bile, bu, geçmiş zamanlardaki muhatapların anlayış seviyesine göreydi.
Evrenin gayeye dayalı yorumunun iş görmez hale gelmesiyle onyedinci yüzyılda Tanrı, evrende, etken sebep hiyerarşisinde zincirin ilk halkasını oluşturan “ilk sebep” görülmeye başlandı. Bu nedenle Rene Descartes (1596-1640) bilim ve din arasındaki çatışmayı çözmek için “sürekli yaratma teorisi”ni öne sürdü. O, Tanrının, yaratılışın başlangıcında evreni yaratmasına ilaveten her an onu yeniden yarattığına ve eğer sürekli yeniden yaratma, yani Tanrının kesintisiz ve defalarca yaratması olmasaydı evrenin yokoluşa sürükleneceğine inanıyordu. Ama tabii ki evrendeki olayların ardarda gelişini, ilahi bir eyleme bağlanması gerekmeyen “belirlenmiş mekanik yasa”nın etkisiyle açıklıyordu.
Benedictus (Baruch) Spinoza (1632-1677) bir adım daha öteye geçti ve “Tanrı”nın geleneksel anlamını tamamen terketti. O, evreni değişmez bir mekanik sistem ve düzene sahip olarak tanıttı. Kozmozun somut olmayan değişmez düzenini veya sistemin yapısını “Tanrı” olarak adlandırmaya eğilimliydi. Bilinçli, maksat sahibi ve iradesi olan herhangi bir varlık şeklindeki “Tanrı” tasavvurunu inkar ediyordu.