Sir Isaac Newton (1642-1727) bilimsel görüşte devrimi ve Galileo'nun öncülüğünü yaptığı matematik ile deneyselciliği birleştirmeyi sonuçlarına vardırdı, doğanın mekanik ve makine olarak tasvirini geliştirdi. Genel olarak evreni, değişmez yasalara tabi ve her bir parçası net biçimde öngörülebilir karmaşık bir makine şeklinde tarif etti. Bu görüş, sonraki bilimadamı neslinin geliştirdiği determinist ve materyalist felsefelerin temelini attı.
Neticede Newton'un doğaya ilişkin tasvirine göre Tanrı sadece evrenin varedicisi ve mimarıydı. Tıpkı bir “tanrısal saatçi” gibiydi. Saatin ilk hareketten sonra bağımsız olarak mekanik seyrini katedeceği ve artık saatçiye ihtiyaç duymayacağı gayet açıktır. Evreni hikmet sahibi bir yaratıcının eseri, maksat ve yardımın öyküsü gören Newton, bu sorun karşısında “boşluk kapatan tanrı” fikrine sarıldı. Newton, aralarında gezegenlerin genişleyen seyri de bulunan bazı fenomenler için bilimsel açıklama bulamıyordu. Bu sebeple Tanrının güneş sisteminde denge sağlanmasında sürekli rolü olduğuna, kimi zaman tabiatın mecrasındaki harekete müdahale ettiğine ve çekip çevirme rolü oynadığına inanıyordu. Bu görüşler karşısında, bilim ve dini uzlaştırmaya çalışan “ehl-i zevk” tanrısal genel idare fikrine yöneldi. Onlara göre Tanrı, evrenin düzenini yaratılmışların refahını koruyacak şekilde idare ediyordu. Tüm doğa yasalarını vazetmişti ve evren tanrısal yardıma muhtaçtı.
Onsekizinci yüzyılda Avrupa'da aydınlanma hareketi dinle ciddi çatışma alanında boy gösterdi. Fransa'da başlayan bu hareketin taraftarları tabiatı determinist bir mekanizma görüyor, hatta “boşluk kapatan tanrı”yı bile inkar ediyorlardı. Bütün fenomenleri fizik kanunlarıyla açıklıyor, sonuç itibariyle de Tanrının varlığına ve vahye ihtiyaç duymuyorlardı. Elbette ki yolun başında akılcı ve vahye dayalı şeriata inanıyorlardı. Yolun yarısında doğal yaradancılığı (deizm) vahye dayalı yaradancılığın yerine geçirdiler. Sonda da kuşku homurtuları yükseltip dinin değişik şekillerini hatalı bularak reddetmeye vardılar. Beşerî aklın, insan hayatının bütün durumlarını kavrayabileceğini ve vahye ihtiyacı olmadığını savunuyorlardı.
Onsekizinci yüzyılın ikinci yarısında aydınlanma hareketi karşısında bazı tepkiler ortaya çıkmaya başladı. Romantik hareket, aydınlanmanın içinden doğmuş ve aydınlanmanın pek çok öğretisini kesin kabul eden tepkilerden biriydi. Fakat aydınlanmacıların aksine hayalperestlik, gözlem ve bireyin özgürlüğü üzerinde duruyor; Tanrıyı, yaratılış sisteminin yaratıcısı, ufuklara ve iç dünyalara yayılmış ruh olarak tarif ediyordu. Yine, Almanya'da riyazet (pietizm) hareketi ve İngiltere'de metodist hareket aydınlanmacılara tepki gösterdi. Pietizm hareketi teslimiyete, inançta ihlasa ve kalp hallerini yüceltmeye önem veriyordu. Metodist hareket ise subjektif iman ve gelenekçiliği tebliği ediyordu.
David Hume (1711-1776) ve Immanuel Kant (1724-1804) bu yüzyılda bilim alanında çok etkili oldu. Hume bilimsel deney ilkesi ve dinî agnostisizmi kurarak akılcı ve vahye dayalı teolojiyi sert biçimde sorguladı. Buna mukabil Kant, pratik akıl ve vicdanı ahlak yoluyla Tanrının varlığı, uhrevi hayat ve nefis ve insanın iradesini kabul ederek bilim sahasının dinin sahasından ayrılacağına dair görüş bildirdi.
Ondokuzuncu yüzyılda Charles Darwin'in (1809-1882) türlerin evrimi teorisi dinî inanç karşısında en önemli meydan okuyuştu ve yaratılışın hikmeti, insanın en soylu varlık olması, Kitab-ı Mukaddes'in insanın yaratılışı bahsindeki görüşü ve diğer pek çok dinî inancın sorgulanmasına yolaçtı. Onun görüşü karşısında da, evrimi düşmanca reddetmekten, heyecan içinde kabul etmeye kadar biririnden farklı çeşitli tepkiler ortaya çıktı. Genel olarak evrimi itiraf etmekten veya Kitab-ı Mukaddes hakkında eleştirel araştırmalardan nefret eden pek çok muhafazakar Protestan sonunda evrim teorisi ile dinî görüşü uzlaştırdı. Mesela Charles Hodge evrim teorisini belli ölçüde kabul etti ama “insan evrimleşmiş maymundur” fikrini kabul etmedi. Öte yandan o diyordu ki, Kitab-ı Mukaddes'te iki tür içerik vardır: Biri, Kitab-ı Mukaddes'in vahiyden aldığı ve öğretmeyi amaçladığı hakikatlerdir. Diğeri ise Kitab-ı Mukaddes yazarlarının ittifak halinde inandıkları ama hata ettikleri itikatlardır. Hodge'ın bu şekildeki ayrımı, hem Kitab-ı Mukaddes'e iman edilmesi, hem de Copernicus'un yıldız bilimini ve Darwin'in evrim teorisini kabul etmeyi mümkün kılıyordu. Bununla birlikte Hodge, sonunda Darwinizmi inkarcılığa denk gördü. Diğer Protestanlar, Ortodokslar gibi bir tür resmî-geleneksel ilahiyatı, evrim teorisini kabulle uzlaştırdı. Şöyle dediler:
Tanrı, evrim macerasını bir bütün olarak ortaya koydu. Şu anda da gözümüze “kendiliğinden gelişmeler” gibi görünen yolla işine devam ediyor.