Kitab-ı Mukaddes'in hatasızlığına tam inancı olan köktenciler sadece evrim teorisine değil, modern öğretiye ve bütün modern bilimlere hücum etti. Bunların muhtevasını inkarcı görüyorlardı. Evrim teorisi Katolik düşünce için pek o kadar sorun yaratmadı. Çünkü Katolikler vahye dayalı hakikatleri Kitab-ı Mukaddes'ten ibaret saymıyor, kilisenin canlı yorumu ve içtihadını da vahiy kabul ediyorlardı. Bununla birlikte Roma'nın ilk tepkisi, evrimi sert biçimde tekzip etmek oldu. Fakat ondokuzuncu yüzyılın sonlarından yirminci yüzyılın yarısına kadar devam eden Kitab-ı Mukaddes araştırmaları, daha mülayim Roma'nın dikkatini çekti ve Katolikler ihtiyatlı biçimde evrim teorisini kabul etti. Kitab-ı Mukaddes'i yorumlayarak ve onu metaforik görerek kendileri için işi kolaylaştırdılar. Ama daha önce bahsi geçen geleneksel gruplar karşısında Kitab-ı Mukaddes'i evrim teorisine uydurabilmek için büyük bir modernleşme çabası içindeydiler. Kitab-ı Mukaddes'in Tanrının insana doğrudan vahyi olmadığına, bilakis beşeri bir yazı olduğuna inanıyor ve Kitab-ı Mukaddes'in oluşum sürecini dinî bilgininin gelişmesi yönündeki evrimleşme sayıyorlardı.
Ondokuzuncu yüzyılın sonlarında teolojik liberalizmin üçüncü aşaması olan modern ilahiyat, gelenekselcilik ile modernleşmecilik arasında orta yol olarak gündeme geldi. Modern liberal ilahiyat, evrimin bilimsel bilgisini kabul etmekle, doğal ve vahye dayalı ilahiyat yerine, daha önce onsekizinci yüzyılda teolojik liberalizmin ikinci aşamasının, yani romantik hareketin kurucusu Fredrich Schleirmacher (1768-1834) tarafından ortaya atılan, aslında mudetil ve ılımlı gelenekselci ve yenilikçi bir teoloji olan dinî tecrübe ve irfanî tecrübeye yönelmiş oldu.
Yirminci yüzyıl, batıda, bilim ve din arasındaki çatışmayı çözümleyecek şekilde bilimin alanıyla dinin sahasının birbirinden ayrıldığı çağdır. Bu yüzyılda, dinin alanını bilimin alanından belli şekillerde ayıran birtakım okullar ortaya çıktı. Bu görüşlerin taraftarları, din ve bilimin sadece konu ve muhtevasının değil, bu iki uğraşı sahasının tamamen ayrılması ve birbirinden bağımsız olması gerektiğini savunuyordu. Bu sayede ikisi arasında hiçbir çatışma düşünülmeyecekti. Bu doğrultuda Yeni Ortodokslar, vahyin eşsizliğinin, ilahiyatı diğer insani bulgulardan ayırt ettiğine inanıyordu. Karl Barth (1886-1968), ilahiyatın konusunu Tanrı, yani ancak kendisi bize kendisini açmak istediğinde tanıyabileceğimiz “bambaşka” bir varlık olarak görüyordu. Bu okulun görüşüne göre teoloji ve bilimin metodları arasındaki fark, onların epistemik mevzuları arasındaki farktan kaynaklanıyordu. Teoloji, aşkın ve gizemli Tanrıyla meşguldü ve Tanrının dünyaya, yani bilimin araştırma alanına benzemezliği o boyuttaydı ki, aynı yöntemler her iki alanda da kullanılamazdı. Egzistansiyalizmde bilim ve dinin metodlarının birbirinden ayrı farzedilmesi, birinci derecede insanın bilinç alanları ile nesneler ve bilinçten yoksun şeyler arasındaki karşıtlıktan kaynaklanmaktadır.
Martin Buber, kişinin nesneyle ve kişinin bir başka kişiyle ilişki türlerini birbirinden ayırarak din-bilim ayrımına vardı. İnsanın Tanrı karşısındaki durumunu kişinin kişiyle ilişkisi (ben-sen) türünden, bilimsel araştırmaları ise kişinin nesneyle ilişkisi (ben-o) türünden saydı. Dil analizi felsefecileri ve pozitivistler, dil ve dilin bilimdeki işlevi ile dinin işlevini birbirinden ayırarak bilim ve din arasındaki çatışmayı halletiler. Bu görüşe göre bilimin dilinin araçsal bir rolü vardır. Yani onun görevi gerçekliği açıklamak değil, tersine öngörü ve kontroldür. Ama dinin dilinin, kalpte hidayeti yeşertmek, ahlakı güçlendirmek, kendini tanımayı geliştirme vs. gibi görevleri sözkonusudur. Elbette ki çoğu pozitivistlerin görüşüne göre dinî önermeler deneysel olarak kanıtlanabilir olmadıklarından dinin dili bütünüyle anlamsızdır. Dinî önermeler, mana taşımadığından herhangi bir şeyi anlatmazlar ve doğrulanma ya da yanlışlanma durumunda değildirler. Dolayısıyla da dinî önermeler bilimle çatışmazlar.
İslam Dünyasında Bilim ve Din
Öyle anlaşılıyor ki bilim ve din bahsinin batıda yolaçtığı tartışma ve karışıklığın benzeri İslam dünyasında hiçbir zaman yaşanmamıştır. Çünkü bu meselenin batıda, İslam dünyasında zemini bulunmayan kendine özgü sebepleri vardı. Batıda bu tartışmanın sebeplerinden biri, anlaşıldığı kadarıyla, birçoğu batı kültür ortamında, yani Hıristiyan uygarlığının yatağında oluşmuş bir yığın modern teorinin ortaya çıkması ve son beş yüzyılda bilimin gelişmesidir. Diğer önemli neden, kilisenin modern bilimi reddeden, onu yanlışlayan ve bilimadamlarını inkarcılıkla suçlayıp cezalandıran yanlış ve mantıksız tavrıyla ilgilidir. Kilise, tabiatı yorumlamayı kendi tekelinde görüyor, tuhaf yöntemlerle Kitab-ı Mukaddes'ten doğa bilimini keşfetmek istiyor ve modern doğa bilimcileri tabiatı yorumladıkları için cezalandırıyordu. Başka bir ifadeyle: