Bahsi geçen eğitim kurumlarının yanında, İslam düşünce tarihinde Müslüman bilginler arasında da kendinde muhtelif ilimleri toplamış ve onları ilmî bakımdan uzlaştırmış birçok âlim bulunabilir. Bunların en bariz örneği Ebu Ali, İbn Sina ve Şeyhu'r-Reis adıyla meşhur hakim Ebu Ali Hüseyin b. Abdillah b. Sina'dır (hicri kameri 370 veya 375/miladi 980 veya 985-hicri 427/miladi 1037). Metafizik, felsefe, aklî ve şer'î ilimleri bilmenin yanısıra deneysel tıp biliminde de birikimi olan biriydi. El-Kânun fi't-Tıb isimli eseri bu alandaki eserlerinin en etkileyici olanıdır. İbn Sina'ya ilaveten, bütün çağların en büyük fizikçilerinden İbn Heysem'i de (hicri 355/miladi 965-hicri 429/miladi 1039) zikretmek gerekir. Fotometri ve görmenin gerçekleşme yöntemi alanında bilim dünyasına birinci sınıf deneysel teoriler armağan etti ve önemli yasalar keşfetmeyi başardı. Ebu Reyhan Muhammed b. Ahmed Birûnî de (hicri 362/miladi 973-hicri 437/miladi 1047), batıda modern bilimin zuhurundan yüzyıllar önce İslam dünyasında yaşamış, aralarında geometri, matematik, astronomi, coğrafya, antropoloji, ilahiyat, fizik, kimya vs. gibi bilimlerin bulunduğu pek çok bilim dalında öncü olmuş ve kendisinden geriye çeşitli bilimlere dair çok sayıda eser kalmış deneysel bilimlerin seçkin bilginlerindendir. Yine aklî, dinî, doğal ve deneysel birçok ilmi kendinde toplamış “zü'l-fünûn” lakaplı Şii âlim Hâce Nasiruddin Muhammed b. Muhammed b. Hasan el-Tûsî'yi (hicri 597-miladi 1201-hicri 672/miladi 1274) hatırlatmak gerekir. Bir din âlimi olmasının yanısıra siyasetçi ve filozoftu da. Astronomi, geometri, tıp, matematik gibi alanlarda insanlığa büyük hizmetler yaptı ve geride çok sayıda eser bıraktı. Hizmetlerinin en önemlisi, bilim ve dini kendinde toplaması ve ikisi arasında hiçbir uyuşmazlık bulunmamasıydı.
Dinî ilimler, deneysel bilimler ve doğa bilimlerini biraraya getirmiş Müslüman âlimleri bir yana bırakacak olsak bile dünyada, bağımsız bir mevzu olarak bilim-din ilişkisi alanında söz söylemiş seçkin bilginler vardır. Bunların öne çıkanı İmam Muhammed Gazzalî'dir (vefatı 505). Gazzalî, akıl-din ilişkisi babında felsefeye şiddetle karşı çıkmış, felsefenin dinle çatışmasına örnekler sıralamış ve bu nedenle felsefeyi reddetmiş olmakla birlikte ilim-din ilişkisi bahsinde ikisinin uyuştuğuna inanıyordu. İlmin dine aykırı olmaması bir yana, Kur'an'ın tüm ilimlerin ana hatlarını içerdiğini ve Kur'an'ın derinlikleri üzerinde dikkatlice durulduğunda ilimlerin ayrıntılarına ulaşılabileceğini savunuyordu.
Gazzalî'den sonra Fahru Râzî de (vefatı 606) ilim ve dinin uyum içinde olduğuna inandı. İbn Ebi'l-Fadl Mursî (vefatı 655), Zerkeşî (vefatı 794) ve Suyûtî de (vefatı 911), din ve ilimler bahsine girmiş, ilim ve din arasında çatışma olmadığını savunmuş ve dinî metinlerden, özellikle de Kur'an-ı Kerim'den çeşitli ilimleri çıkarmanın mümkün olduğuna inanmış âlimlerdir. Zerkeşî, rivayetlerle istidlale ilaveten, Gazzalî gibi bütün ilimleri Allah'ın fiilleri alanına yerleştirmektedir. Ona göre Kur'an Allah'ın zât, sıfat ve fiillerinin zarfı olduğundan tüm ilimleri içermektedir.
Celaleddin Suyûtî, iki ayetin (“مَّا فَرَّطْنَا فِي الكِتَابِ مِن شَيْءٍ” En'am 38 ve “وَنَزَّلْنَا عَلَيْكَ الْكِتَابَ تِبْيَانًا لِّكُلِّ شَيْءٍ” Nahl 89) atıf ve genellemesini delil göstererek Kur'an'da bütün meseleler ve ilimlerin varolduğunu savunur. Dolayısıyla bilim ve dinin muhkem bağı vardır.
Fakat bilim ve din sorunu, bütün zamanlardan çok daha fazla son iki yüzyılda batıdaki bilim-din çatışmasının etkisi altında Müslüman düşünürlerin gündemine girdi. Şii ve Sünni seçkin bilimadamları bu nedenle bu tartışmaya katıldılar. Muhammed Abduh, Tantavî, Abdurrahman Kevâkibî, Abdulaziz İsmail, Seyyid Mahmud Talekânî, Mehdi Bazergân, Yedullah Sehâbî gibi epey bir kısmı modern bilimin buluşlarını doğru ve kesin kabul ederek Kur'an'ın yüzyıllar önce günümüzdeki bilimsel meselelere değindiğini iddia ettiler. Bu sebeple dinî metinleri modern buluşlara uygulamaya çalıştılar. Dolayısıyla bu görüşe göre, çatışma bir yana, İslam ve Kur'an bilimde öncüdür ve ona bütünüyle uygundur. Bu gruptan kimilerinin, Darwinist evrim teorisi gibi bilim dünyasındaki kimi aşırı görüşleri bilimsel bulmaması ve din karşıtlığı hedefi güttüğünü düşünüp reddetmesi doğaldır. Gerçi bu gruptan Dr. Sehâbî gibi bazıları ilke olarak evrim teorisini kabul etmiş ve onu Kur'an'a uygun hale getirmeye çalışmıştır. Ama yine de teorinin detaylarında, mesela aralarında maymunu insanla aynı soydan gösteren görüşün de yeraldığı varlıkların her birinin orijini net belirlemede Darwin'e muhaliftir.