Mutahharî kilisenin eksiklik ve işlevsizliğine ilaveten felsefî ve dinî kavramlar bakımından da isdibdat, şiddet ve zorbalığını seküler sistemlerin dinî ve kiliseli sisteme tercih edilmesinin en önemli etkenlerden biri olarak ele alıp tartışmaktadır. Galiba Pasquini'nin ruhani babasının giysisi mülahazasıyla gözden kaçırdığı ve Mutahharî'nin bu babta tam isabetle sözünü söylediği nokta, kilisenin onikinci yüzyıldan ondokuzuncu yüzyıla kadarki, yani kilise babalarının insanların inancı üzerindeki hâkimiyeti engizisyon sistemiyle koruduğu zamanki davranışıdır. Kilise halktan, ateizmle ilgilendiğinden kuşkulanılan veya kilisenin inançlarına muhalefet eden kişileri darağacına asılmak üzere ihbar etmesini istiyordu. Bunların korunması, saklanması, onlara himaye sağlanması suç kabul ediliyordu ve bunları yapanlar kilisenin lanet ve nefretiyle karşılaşıyordu. Mutahharî, Will Durant'ın, inançları teftiş (engizisyon) mahkemelerinin görevi ve bu mahkemelerin korkunç işkenceleri konusunda verdiği bilgiye dayanarak kilisenin, dini, inancı özgürce seçme ve inançlar konusunda araştırma yapma olan asli vazifesinden nasıl saptırdığını ve diyaneti, şiddet içeren, esneklik göstermeyen, düşünceden korkan ve özgür düşünceden uzak bir sisteme dönüştürdüğünü göstermektedir. Will Durant'ın kilise tarafından işkence yapılan ve katledilen kişilerin sayısıyla ilgili dehşete düşüren istatistiğini hatırlatır. George Sarton'un (1884-1956), kilisenin fiillerini rönesans tarihinin en karanlık noktası olarak tanıtan ve cadı avı bahsinde kilisenin büyücülükle mücadele bahanesiyle böyle cinayetler işlediğini anlatan Şeş Bâl (Six Wings) kitabını referans verir. Mutahharî, kilisenin fiillerinin toplumda dinin reddedilmesi ve dine sırt çevrilmesinin en önemli zeminini oluşturduğuna, dinin asli hedefi olan hidayet ve muhabbeti kafirlikle ve günahkarlıkla suçlamaya dönüştürdüğünü ve maddecilik lehine dine en büyük darbeyi vurduğuna inanmaktadır. Oysa Pasquini kilisenin istibdat ve cinayetlerine kısaca değinmektedir. Tabii ki buradan Pasquini'nin inançları teftiş sistemine, haçlı savaşlarına ve kilisenin istibdadına önem vermediği ve bunu gözardı ettiği sonucu çıkarılamaz. Ama insanların inançsızlaşması ve dini sırt çevirmesinde bu sebebe önemsiz bir pay vermiştir. İspanya'da 1481-1843 yılları arasında süren engizisyonda 3230 kişinin öldürüldüğünü ve 1184'den 1500' kadar devam eden orta çağlar boyunca inançların teftiş edilmesi sonucunda 2000 kişinin katledildiğini itiraf eder, ama aynı zamanda seküler rejimlerin Hıristiyan neşriyat, cemiyetler ve faaliyetlere karşı girişimlerini daha vahim bulur ve onların kiliseye ve Hıristiyanlara karşı çok daha fazla cinayet işlediğini vurgular. En geniş şekliyle tehdit, sürgün, zindan ve cinayetlerin Hıristiyanlara yaşatıldığına ve Fransız devrimi sırasında 20 bin Hıristiyan ve rahibin sürgün edildiğine değinir. Fakat kilisenin inançları teftişi ve istibdadı konusuna hakettiği şekliyle insaflı davranmaz. (Pasquini, 2014: 40). Mutahharî'nin işaret ettiği bir diğer yetersizlik de rahiplerin ahlakî ve malî yozlaşmasıdır. Mutahharî'nin, bizdeki ilim havzalarının malî sistemini gündeme getirerek onların halktan gelen gelirle rızıklanmasını yıkıcı bir âfet olarak nitelendirdiği uyarısı önemlidir. (Mutahharî, 1395/2016: 307-309). Dinin memuriyetinin, dünyevi ve uhrevi mutluluğu armağan etmek için insandaki güdüleri ıslah, kontrol ve yönlendirme olduğuna inanmaktadır. Ama dinin zora koşan kanunları ve insandaki güdüler ile ilahî hudutlar arasında kavga ve çatışma olması onu tereddüde ve bilinç bulanıklığına sürüklemektedir. Nihayetinde de diyanetin onun mutluluğunu güvence altına alamaması bir yana, güdüleri kısıtlama ve baskı uygulama sebebiyle onu başarısızlığa da uğratmaktadır. Bu, materyalist okullara yönelişe zemin hazırlayan etkenin ta kendisidir. Mutahharî bu noktayı ele alırken özel olarak Hıristiyanlık dininde ruhbanlığın değerli ve evlenmenin kirli görülmesine bakar. Ama cehaletin kurtuluş, ilmin ise sapkınlık; fakirlik ve felaketin mutluluk, servetin ise bedbahtlık sayıldığı tefekkürün, insanın Tanrı ve diyaneti toplumların hakir ve geri kalmış hale gelmesinin sebebi görmesinden başka sonuç doğurmayacağına inanmaktadır. Bu, Pasquini'nin değinmediği bir noktadır. Mutahharî, Russell konusunda şöyle der: O, kilisenin insanı iki talihsizlik arasında bıraktığını savunuyor. Ya dünyada mutsuzluk ya da âhirette mutsuzluk. Bu bakış da ateizme sebep oluyor. Çünkü Tanrıya inanç özgürlük, mutluluk, haz ve hatta özgür düşünce karşısında yeralıyor. Kilisenin öğretileri âhirette mutluluğu kazanabilmek için bu dünyada acı ve mahrumiyete katlanmak gerektiğini öğütlüyor. Mutahharî, kilisenin öğretilerindeki bu eksikliklerin kişiyi mecburen inançlarını terketmeye ve Tanrıdan uzaklaşmaya zorladığına inanmaktadır. (A.g.e.: 164-168).
Kilisenin kavramlarındaki yetersizlik