Mutahharî'nin ateizme yönelişin sebepleri hakkındaki görüşü genel olarak üç ana kategoride ele alınabilir. Onun patolojinde ele alınan birincisi ve en önemli mesele, esas itibariyle kilisenin halka aktardığı felsefi, dinî ve kiliseye ait kavramlardaki yetersizlikten kaynaklanan epistemik sorunlardır. Mutahharî ve Pasquini'nin görüşündeki asıl farklılık da işte bu noktadadır. Çünkü Mutahharî'nin görüşüne göre sahih tanımanın hasıl olması akılcı teyit ve teslime eşittir. Ama kiliseye ait ve felsefi kavramların eksikliği ve yetersizliği sahih tanımanın önündeki engeldir. Bu nedenle de mütefekkirler ve bilim insanları tarafından kabul edilmemiştir. Fakat Pasquini, sahih tanımanın gerçekleşmesinin bireyin duygularıyla derin bağı olduğuna inanmaktadır. Şu anlamda: Bireyin duygusal başarısızlıkları, özellikle babayla ilgili olarak, epistemik kuvvetlerde bozulmaya sebep olmaktadır. Sahih tanımaya engel olan şey, bireyde bu zeminde duyguların şekillenmesiyle ilgilidir. Bu nedenle sahih tanımanın gerçekleşmemesi, reddetmeye ve ateizme yönelişe sebep olmakla kalmaz. Bilakis aslında yeni ateizm akımı felsefi çıkarım ve kanıtlara dayanmamaktadır. Bu akımın bayraktarlarının görüşleri, muhatabı cezbetmek için ve dinî inançlara karşıtlık hedefiyle çoğunlukla bilimsel ve biyolojik kanıtların manipülasyonunu ve gazetecilik hilelerini kullanır. Bu genel görüş, her iki düşünürün ateizm hususundaki patolojisini etkilemiştir ve bunu dikkate almaksızın görüşleri eleştirilemez. Mutahharî, seküler filozoflar ve düşünürler tarafından gündeme getirilen aklî sorunlar ve felsefi çelişkilerle karşılaştığında Batı felsefi düşüncesinde mevcut çelişkilere İslamî geleneğin içinden bakmış ve bu eksikliklerden kaynaklanan boşlukları hatta sadece Aristoculukla da değil, İslam felsefesinin kavramlarıyla doldurmaya çalışmıştır. Mutahharî'nin bu sorunlara veya şüphelere cevabı, İslam felsefesinin vacibu'l-vücud gibi kendine özgü kavramları açısından beyan edilmiştir. Yani bizim kendimize has kavramlarımızla onlarınki arasında hiçbir ortak zemin bulunmadığı yerde o, onların felsefi sorunları veya hatta çelişkilerini İslam felsefesinin çözüm yollarına rücu ettirmiştir. Bu nedenle onun verdiği cevaplar, doğruluğuna rağmen tam olarak kabul görmedi. Mutahharî'nin bu filozofların münakaşasına getirdiği eleştiri, bu sorunları İslam felsefesinin çerçevesi dışında, felsefenin daha genel ve tümel kavramları formunda ifade ettiği zaman çok daha etkili olabilmiştir. Russell ve Sartre gibi isimlerin varlığın aslının kökenine dair ilk sebep ve sebebe ihtiyacın kriterleri gibi -ona göre Batı felsefesinde halledilmemiş olarak yerinde duran- felsefi kavramlar hakkındaki tartışmalara cevap vermiştir. (Mutahharî, 1395/2016a: 78-81). Öncelikle daha genel ve tümel şekle sahip Batının ve Hıristiyanlığın felsefî ve dinî kavramlarını gözönünde bulundurmaktadırlar. İkincisi, aralarındaki tartışma kendi prensip ve inançlarıdır ve başka bir geleneğin içinden onlara cevap verilemez. Kesin olan şu ki, Mutahharî'nin cevapları sadece İslamî geleneğin içindki kişiler için yeterlidir, İslam felsefesinin kavramlarını ve Müslüman filozofların kanıtlarını anlayacak durumda olmayan kimseler için değil. Tanım meselesinde Pasquini'nin görüşü de başka şekilde aynı kusurla malüldür. Yani o, her ne kadar tanıma meselesini şekillenme aşamasında, yani Mutahharî'nin başladığından önceki aşamada ele almışsa da kusurlu baba teorisinin ortaya atılması, duygusal bozulmayı sahih tanımanın şekillenmesinin önündeki engel olarak göstermek içindir. Pasquini'nin motivasyonunu -yeni ateizmin başını çekenlerin görüşlerine karşılık vermede- bakıldığında öncelikle hararetli Freudçu yaklaşım göze çarpmaktadır. Hatta onun sadece Freud'un -ve Feuerbach'ın- düşüncesinin oyun alanını değiştirdiği görülmektedir. Çünkü Freud, Feuerbach'ın peşinden giderek dini, gerçeklikle bilimsel yüzleşmenin ergenleşmemiş formu olarak “yaygın obsesif kompulsif bozukluk” kabul ediyordu. Ona göre dinî ihtiyaç çocuğun babasına yetersizliği ve babasına ait olmasından kaynaklanır. Dinin ifade edilen tasviri, çocuklukta mutlak kâdir ve mutlak bilgili olarak tasavvur edilen babanın idealize edilmiş tasviridir. (Main, 1390/2011: 7-10). İkincisi, Hıristiyan geleneği üçlemeye dayanır ve herkese Hıristiyan geleneğinin içinden bakar. Oysa üçleme ile yeryüzündeki ailenin birbirine benzetilmesi yalnızca Hıristiyan inançlar bütününde geçerlidir. O, Yahudi diyanetine bakarken bile pek o kadar dikkatli değildir. Oysa atıfta bulunduğu çoğu filozof ve düşünürün kökeni Yahudiliktir ve sadece yaşadıkları ortam Hıristiyanlık dünyasıdır. Bu nedenle kusurlu baba teorisinin kapsamına alınamazlar.
Dinin psikolojiye indirgenmesi