Bu metodolojik ilkenin kökeninin ne olduğu ve hangi nedenin böyle bir sözleşmeyi meşru yapacağı, ayrıntısıyla burada ele alınamayacak başka bir tartışmanın konusudur. Aynı zamanda kimilerinin görüşüne göre bu sözleşmenin keyfi bir karar olmadığını da bilmek gerekir. Metodolojik natüralizm için birtakım prensipler ve gerekçeler ortaya konmuştur. Bunların arasında şu önerme geçer: Tabiat doğa yasaları temelinde işler ve bu nedenle Tanrının dünyaya müdahalesine ihtiyaç yoktur. Yahut denir ki, bilim tanımı itibariyle metodolojik natüralizm esasına göre işler. Yine bir önerme de şöyledir: Yalnızca natüralizm temelinde işlemesi sayesinde fenomenleri ölçmek ve öngörmek mümkündür. Bilimsel gelişme de bu yolla gerçekleşebilir. (Plantinga 2001). Biz bu makalede metodolojik natüralizm ilkesini değerlendirme niyetinde değiliz. Bu nedenle bahsi geçen ilke için ortaya atılan gerekçeleri incelemeye girişmeyeceğiz. Bu noktada gözden geçireceğimiz şey, bu ilkenin metodolojik olması ve metafizik olmamasının sonuçlarını çıkarmaktır. Diğer bir ifadeyle, bilimde natüralizmin metodolojik olmasının ona ne gibi gereklilikler dayattığını bilmek istiyoruz. Bu sorunun incelenmesi, bizim için, evrimci antropolojinin metodolojik natüralizm çerçevesinde mi kaldığı, yoksa onun sınırlarının ötesine mi geçtiğini görmemiz gerektiği nedeniyledir.
2.1.4.2 Metodolojik natüralizmin epistemolojisinin itibarı
Metodolojik natüralizmi bir yana bırakan açıklama, sözkonusu ilkenin epistemolojik hiçbir itibarı bulunmadığını kabul etmek zorundadır. Bir başka ifadeyle, bu ilke evren hakkında kendiliğinden hiçbir söz söyleyemez. Aksine tabiat üzerine yapılacak araştırma için yalnızca bir metottur. Eğer böyleyse -ki öyledir- o zaman bahsi geçen ilkeye dayanan bilimsel bulgulara nasıl güvenilebilir?
Öyle anlaşılıyor ki bilimsel bulgulara epistemolojik itibar kazandırabilecek olan şey, metodolojik natüralizm temelinde işleyişin araştırmacıyı muteber delil ve tanıklara dayalı izaha ulaştırmasıdır. Sadece böyle delil ve tanıklara istinat edilmesi bilimsel izahların itibarına temel oluşturabilir. Buna göre her bilimsel izahı ölçmek için ancak delillerinin itibarını değerlendirmek gerekmektedir; bilimsel natüralizme izin vermeksizin kendisi bir delil ve tanık rolünü oynayacak şekilde. Böyle bir rol oynaması bilimsel natüralizmi doğacı tabiatından çıkartacak ve ona ontolojik rol kazandıracaktır. Dolayısıyla natüralizmin metodolojik mahiyetinin onu delil ve tanık rolü oynamaktan tamamen yoksun bırakacağı söylenebilir. Şu halde evrimcilerin iddiasını değerlendirme yollarından biri, bu tür bir antropolojinin metodolojik natüralizmden metafizik nasibi bulunup bulunmadığına bakmamızdır.
2.2. Eleştiriler
Dinin kökenini değerlendirirken odaklanacağımız nokta, bu babta evrim teorisinin bilimsel teorinin özelliklerini taşımadığıdır. İleride bu noktayı ele alıp inceleyeceğiz.
2.2.1. Metodolojik natüralizmden sapma
Evrimciler dinin ortaya çıkışında doğa ötesinin müdahil ve özne olduğunu reddetmektedir. Acaba evrimcilerin buna hakkı var mıdır? Evrimcilerin yeterli bilimsel delili olsa böyle bir sonuç çıkarabilirlerdi ve buna hakları olurdu. Oysa sorulması gereken soru, evrimcilerin dinin evrimci ortaya çıkışına dair yeterli bilimsel delil ortaya koyup koyamadıklarıdır. İleride, evrimciler tarafından dinin evrimci izahı için kabul edilebilir hiçbir deneysel delil gösterilemediğine değineceğiz. Bu bir yana, dinin evrimci izahı olarak sunulan şeyin deneysel delillere dayanmamakla kalmadığı, hatta açıklayıcılık gücünden de yoksun olduğu kanıtlanacaktır. Böyle şartlarda metodolojik natüralizmden sadece metafizik yararlanma dinin evrimci izahını kurtarabilir. Yani metodolojik natüralizm metot kulvarından çıkıp delil rolü oynadığı takdirde metafizik sonuç çıkartabilir. Ama varsayıma göre natüralizm bilimde yalnızca metodolojidir ve doğa ötesinin tabiatta müdahil ve özne olduğunu reddetmeye dayalı hiçbir metafizik iddia öne sürmez.
2.2.2. Bilimsel yasaya dayanmama
Evrimciler tarafından din konusunda öne sürülen izahta bilimsel hiçbir yasa gösterilmemiştir ve “Büyüklerin söylediği her şeye inan; neden ve nasıl sorusunu sormaksızın büyüklere güven” gibi kanunlar asla bilimsel yasa kapsamında değildir. Mesela büyüklere güvenme ilkesinde çok sayıda çelişki vardır. Buna ilaveten, dinin ortaya çıkış şeklinin bu ilkeyi doğruladığına dair hiçbir delil ortaya konmamıştır. Evrimciler dinin kökenini açıklarken yalnızca birkaç örnek vermekle yetinmişlerdir. Ama verdikleri örnekler asla yasanın yerine geçemez. Böylesine sorumsuz tarzın kendine bilim adı verilen hiçbir sahada eşi benzeri yoktur ve makbul değildir.
2.2.3. Deneysel tecrübeden yoksunluk
Aralarında Dawkins'in de bulunduğu Evrimciler insanın evrimi için yeterli kanıtın elde bulunduğunu iddia etmektedir. Ama dinin Darwinci evrimi konusunda nesnel (objective) hiçbir kanıt göstermemişlerdir. Dawkins'inki gibi bu alanda öne sürdükleri evrimci iddiaların tümü tahminler ve varsayımlardan fazlası değildir.