Yumuşak ve sakin bir süreç izleyen siyasi gelişmelerin yanısıra, Şiilerin Gaybet-i Suğra asrındaki ilmî faaliyetleri de ileriye doğru seyir izliyor ve çeşitli boyutlarda yeni gelişmeler kaydediyordu. Şiilerin ilmî durumunu incelerken nüfustaki dağınıklığın hesaba katılması, Şia'nın ilmî faaliyet havzalarını tanımak bakımından öneme haizdir. Coğrafya kaynakları ve diğer kaynaklardan elde edilen bilgiler, Şiilerin İslam ülkelerinin çeşitli bölgelerinde farklı nüfus yoğunluklarıyla yaşadıklarını ortaya koymaktadır.
Kum şehri Şii mezhebinin en önemli şehriydi ve dördüncü yüzyılın coğrafya yazarlarının eserlerinde bu özelliğiyle tanınıyordu. Belhî, el-Mesâlik ve'l-Memâlik'te, “Kum halkının tamamı Şia mezhebindendi.” demiştir. Yine Kum ve oradaki Şiiler hakkında İmamlardan çok sayıda rivayet nakledilmiştir. Kufe her ne kadar tarihî geçmişi bakımından Şii temayüllere sahip ilk şehir ise de nüfus yoğunluğu açısından ikinci sırada yeralmaktadır. Makdisî, Kufe'de nüfus üstünlüğünün -Künnâse mahallesi hariç- Şiilerde olduğunu vurgular. Bağdat'ta Şiiler, şehir nüfusunun büyük bölümünü oluşturuyordu. Kerh ve Babu't-Tâk mahalleleri onlara aitti. Horasan'da Nişabur ve Beyhak şehirleri Şiilerin yaşadığı merkezlerdi. Bu bölgelerde Onikinci İmam'ın çok sayıda vekilinin bulunması, bu durumun delilidir.
Makdisî'nin verdiği bilgilere göre Şiiler Gurgan ve Taberistan, Ahvaz, Fars ve Irak'ın kuzeyindeki bazı şehirlerde, aralarında Taberiyye, Nablus ve Amman'ın bulunduğu Şam'da ve Mısır'ın İskenderiye bölgesinde yaşıyordu. Bu bölgelerde İmam'ın vekillerinin varlığı da bu meselenin şahididir. Aynı zamanda İmam'ın vekillerinin Kazvin, Hemedan, Kirmanşah, Azerbaycan vs. gibi başka şehirlerde de bulunduğu bildirilmiştir. Bu asırda Şiilerin yaşadığı önemli şehirler arasında, halkı Şia'nın güçlü malumatını yansıtan Şehr-i Rey de vardı. Bu çağda büyük Şii muhaddisler ve fakihler yetişti.
Şiilerin çeşitli şehir ve bölgelere dağılmasının Şia akaidi ve ilimlerinin yayılmasında ve çok sayıda ilim havzalarının ortaya çıkmasında dikkat çekici etkisi olduğu açıktır. Şiilerin nüfus üstünlüğünün bulunduğu şehirlerde ilmî faaliyetler daha fazla gelişti. İmam'ın (a.s) gaybeti, ilmî faaliyetlerin zaruretini öncesinden daha fazla vurgulayan bir ortamın oluşmasına yolaçtı. Şia arasında ilmî merceiyyetin temellerinde değişikliğe sebep olan bu konum, Şiilerin ilim ve düşünce sisteminde göze çarpan dönüşümün kaynağı oldu. Bu dönüşümün ilk şekillenmesi ve oluşumu Gaybet-i Suğra asrında gerçekleşmiş, nihai ürünleri Gaybet-i Suğra'dan birkaç on yıl sonra ortaya çıkmış ve Şia'nın yeniden kültürel parlama dönemini inşa etmiştir. Gaybet asrının ilmî ortamını incelerken -diğer asırlar gibi- asli belirtileri şu şekilde ele almak gerekir: İlmî merceiyyet, ilmî ekoller, havzalar, ürünler, âlimler ve düşünürler..
İlmî Merceiyyet
İmamların (a.s) hazır bulunduğu dönemde Şiilerin ilmî meselelerde asli ve ilk mercii, Masum İmamlardı. Şiiler doğrudan onlarla temas ve irtibat halindeydi. İhtiyaç duydukları şeyleri onlardan öğreniyor ve başkalarına aktarıyordu. Bu şekilde Ehl-i Beyt'in ilimleri İslam beldelerine yayılıyordu. Raviler ve muhaddisler İmam'ı ziyaretleri kolay olmayan ilmî mercilerdi. Vekâlet sisteminin oluşmasıyla insanlar uzak ve yakın şehirlerden İmam'ın vekillerine müracaat etmeye başladı. Aslında halkla İmam arasındaki bağ idiler ve aradaki mesafeyi kısaltıyorlardı.
Şia'nın temel direği ve Şiilerin ilmî meselelerde dayanağı olan İmam'ın (a.s) artık aralarında bulunmaması ve gaybetin başlaması, Şia mezhebinde ilmî ve kültürel boyutta bir kriz olarak algılanabilir. Bu krizle yüzleşilmesinin beraberinde oldukça çetin olaylar ve zorluklar getirmesi doğaldı. Bu yüzden bu dönemde naiplik mekanizmasının tesis edilmesi, aslında, ondan kaynaklanan darbeleri azaltma yönünde bir hareketti. İmamların ashabından ve seçkin âlimlerden olan ve yıllarca onlarla irtibat halinde bulunan İmam'ın has naipleri şimdi en muteber ilmî başvuru kaynağı sayılıyorlardı. Çünkü gaip İmamla tek irtibat yolu idiler. Önemli görevlerinden biri de Şiilerin ilmî müşküllerini ve yeni ortaya çıkan meseleleri halletmekti. Onlar, Masum İmam'a (a.s) ulaşmanın herkes için kolay olmadığı bir asırda kelam ve akaid meselelerinde hakkı belirleme ve inhirafı önlemenin mercii idiler. Bunun, özellikle de çeşitli fırka ve mezheplerin akaidlerine karşılık vermede büyük önemi vardı. Mesela Şiiler, ikinci naip Muhammed b. Osman Amirî'ye, Mufavvaza fırkasını ve inançlarını sordu. Soruyu cevaplarken Mufavvaza'nın yaratma ve rızık vermeyi İmamlara (a.s) nispet etmesini reddetmiş ve bu fiillerin Allah'ın zât-ı mukaddesinin şanından olduğunu belirtmiştir.