Özel naiplerin İmamla irtibat halinde oldukları ve bu yolla Şiilerin ilmî ve itikadî sorunlarını ve meselelerini çözüme kavuşturabildikleri gözönünde bulundurulduğunda Şiiler için onların sözlerini şüphe ve tereddüt duymaksızın kabul etmeyi mümkün kılan bir tür kesinlik ve güven hâsıl oluyordu. Şiilerden biri Hüseyin b. Ruh'a, düşmanların İmam Hüseyin'e (a.s) galip gelmesi hakkında sorduğunda ayrıntılı ve ikna edici bir cevap vermiştir. Ravi şöyle anlatır:
Bu cevapları kendi tarafından verdiğinden tereddüde düştüm. Fakat ben bir şey söylemeden o bana döndü ve dedi ki: Gök başıma düşse veya fırtınalar yüzüme esse kendi rey ve görüşümle dinî konularda söz söylememden daha iyidir. Bu meseleleri asıldan, yani Allah'ın Hücceti’nden işittim.
Bu güven ve kesinlik, yaşanan krizin yoğunluğunu azaltan bir sükûnet meydana getiriyordu. İmam tarafından Şiilere ulaşan bazı mektuplarda naiplerin güvenilirliği ve korunmuşluğu vurgulanmaktaydı. İshak b. Yakub'un meselelerine cevap verilmiş bir mektupta, ikinci naip Muhammed b. Osman'ın güvenilir olduğu, onun mektup ve cevaplarının Hazret'in mektup ve cevabı hükmünde sayıldığı geçmektedir.
Bazı delillere göre, özel naiplerin, Şiilerin ilmî faaliyetleri, rivayetleri nakil ve kitap telifi konularında bir tür gözetim ve nezaret yürüttüğü anlaşılmaktadır. Mesela İmam Mehdi’nin (a.s) Şelmeganî hakkında zem ve lanet içeren bir tevki yayınlamasından sonra ravilerin karşılaştığı meselelerden biri de onun naklettiği rivayetlerdi. Hüseyin b. Ruh, İmamların (a.s) sözüne istinat ederek bu müşkülü şöyle halletti:
Size vereceğim cevap şudur ki, İmam Asgerî'ye Beni Faddal'ın yazdıkları konusunda ne yapacaklarını, çünkü evlerinin o rivayetlerle dolu olduğunu soranlara Hazret şöyle buyurdu: Ne rivayet ettilerse alın ve ne görüş bildirdilerse bırakın.
Yine nakledildiğine göre, Şelmeganî -itikadında sapma olmadan önce- “et-Teklif” kitabını yazdığında Hüseyin b. Ruh kitabı ondan istedi, dikkatlice inceledi ve onda uygunsuz bir bahis görmedi. Başka bir yerde şöyle geçer: “el-Te'dib” isimli bir kitabı, sahih mi, zayıf mı olduğu konusunda görüş bildirmeleri için Kum ulemasına gönderdi. Yazılmış kitapların ilmî incelemesine verilen önemi gösteren Nevbahtî'nin bu girişimlerini, aslında Kum'un ve o diyardaki âlimlerin ilmî konumunu değerlendirme yönünde bir girişim olarak görmek de mümkündür. Çünkü hiç kuşku yok, İmam'ın naibi ve İmam'la (a.s) doğrudan irtibatlı olan onun için sözkonusu kitaptaki mevzuların doğruluk ve yanlışlığını teşhis etmek oldukça kolaydı.
Özel naipler, yaygın ilmî faaliyete rağmen kitap veya risale yazmaya girişmediler. Bu konuda elimize herhangi bir haber ulaşmış değildir. Bu konuda nakledilen tek haber, birinci naip Osman b. Said'in, Onbirinci İmam'dan öğrendiği bazı mesele ve hükümleri, Onikinci İmam'dan aldığı meselelerle birlikte bir mecmuada biraraya getirdiği ve ikinci naibe teslim ettiğidir. Kızının naklettiğine göre bu mecmua-i mesail, ikinci naibin vefatından sonra Hüseyin b. Ruh Nevbahtî'ye ulaştı ve hâlâ da ondaydı. Belki de naiplerin kitap telif etmeye yönelmemesi takiyye nedeniyle idi. O sırada karşı karşıya bulundukları tehlike, dinî ve ilmî konularda merci olduklarını reddetmelerini gerektirecek boyuttaydı.
Şiilerin gaip İmamla bağının tamamen kopuk olmadığının hesaba katılması büyük önem taşımaktadır. Bu bağ, yazışmalar ve mektuplar yoluyla ve naipler aracılığıyla kurulmuştu. Pek çok durumda Şia uleması İmam'a (a.s) mektup göndererek karşılaştıkları ilmî meseleleri soruyordu. Bu mektuplar özel naipler yoluyla İmam'a (a.s) ulaşıyor ve cevapları veriliyordu. Bunun bariz örneği, dört mektubuna verilen cevabın nakledildiği Muhammed b. Abdullah Himyerî'nin yazışmalarıdır. Bu cevabi mektuplarda çok sayıda soruya cevap verilmiştir. Yine İmam'ın vekillerinden Esedî'nin meselelerine verilmiş cevaba değinilebilir.
Özel naipler bir yana, İmam'ın muhtelif şehirlerdeki vekilleri de Şiilerin o bölgelerdeki başvuru mercileriydi. Gaybet asrında vekâlet sistemi çalışmasını sürdürdü. Şiilerin yaşadığı tüm bölgelere vekiller tayin edilmişti. Onlar, insanların naiplerle arasındaki bağ idiler. Bu vekillerden çoğunun adı nakledilen haberlerde zikredilmiştir.
Gaybet asrında Şiilerin üçüncü ilmî mercii, fakihler ve muhaddislerdi. Aslına bakılırsa bu kesimin başvuru mercii oluşu, bu dönemde gerçekleşmiş ve yerini sağlamlaştırmış bir şeydir. Her ne kadar İmamların (a.s) bulunduğu zamanda bazen fakihler ve muhaddisler onlar tarafından Şiilerin ilmî mercii olarak tanıtılmışsa da bizat İmamın hazır bulunması onların konumunu gölgede bırakıyordu. Gaybet döneminin şartları, bu konunun nisbi kesinlik kazanmasını sağladı. Özellikle de Onikinci İmam (a.s) fakih ve muhaddislerin ilmî merci oluşu meselesini vurgulayıp buna dikkat çekince. İshak b. Yakub'un naklettiğine göre İmam (a.s), ikinci naip kanalıyla eline ulaşmış bir soruya cevap verirken şöyle buyurmuştu:
“Karşılaştığınız olaylarda hadislerimizi rivayet edenlere başvurun. Onlar benim hüccetim sayılırlar. Ben de Allah'ın hüccetiyim.”