Bağdat ilim havzası, Kum'un hadis ekolü ve Kufe'nin kelam ekolünün etkisi altında yeni oluşmuş bir havzaydı. Üçüncü yüzyılın başlarından itibaren Şii fakih ve âlimlerin bu şehre göçetmesi Bağdat havzasının oluşmasına zemin hazırladı. Birinci naibin Samarra'dan Bağdat'a muhacereti ve dört naibin bu şehre yerleşmesi Bağdat'a bir şekilde ilmî merkez olma özelliği kazandırdı. Bağdat'a göçedenler arasında Kufe, Basra, Kum, Rey, hatta Semerkand'dan pek çok muhaddis ve âlim göze çarpıyordu. Böylece Bağdat havzası, hadis ve kelam ekollerinin etkisi altında biçimlenmiş oldu. Ama bununla birlikte kelam akımları ve akılcı bahisler bu havzaya galebe çaldı. Bu durum, Kufe kelam ekolüne komşu olmaktan ve Bağdat şehrinin kendine has kültürel çevresinden kaynaklanıyordu.
Bağdat'ta büyük kelamcılar yetişti. Bunların en ünlüsü, haklarında çokça söz söylenmiş Ebu Sehl Nevbahtî ve Hasan b. Musa Nevbahtî idi. Ama fıkıh alanında pek çok telifi bulunan Bağdat'ın büyük fakihlerinden İbn Cüneyd İskafî'ye de değinmek gerekir. Fakat Şeyh Tûsî'nin belirttiğine göre kıyasın hüccet olduğunu kabul etmesi gerekçe gösterilerek kitapları reddedilip terkedilmişti. el-Muhtasaru'l-Ahmedî fi'l-Fıkhi'l-Muhammedî ve 20 ciltlik Tehzibu'ş-Şia li-Ahkami'ş-Şeria isminde iki fıkıh ansiklopedisi kaleme aldı.
Rey
Rey ilim havzası da Bağdat havzası gibi yeni kurulmuştu ve Kum havzası ile onun hadis ekolünün yoğun etkisi altındaydı. Ehl-i Beyt hadislerinin ravileri ve muhaddisler, kimisi Onbirinci İmam'ın ashabı, diğer bazısı da Kum havzasının talebelerinden olarak Rey'de ilmin ilk adımlarını attılar. Rey havzası Kum havzasının yoğun etkisi altında olmasına rağmen kelam ilmi bu havzanın bazı âlimlerinin ilgisini ve dikkatini çekti. Kelamî eğilimler Rey'de oldukça kuvvetliydi ve orada büyük kelamcılar yaşıyordu. Daha önce Rey'de bulunan büyük kelamcı İbn Kube Râzî'nin adından bahsetmiştik. Ama Rey ilim havzasının mümtaz şahsiyeti, Kum hadis ekolünün yetiştirdiği ve ömrünün son yıllarını Bağdat'ta geçirmiş büyük muhaddis ve el-Kâfî'nin yazarı Muhammed b. Yakub Kuleynî (vefatı hicri 329) idi.
Horasan ve Maveraünnehir
Daha önce de değinildiği gibi, Horasan'da Nişabur ve Sebzvar şehirlerinde, Maveraünnehir ve Semerkand'da Şii mezhebi daha fazla görülüyordu. Nişabur, gaybet asrının başlarında Fadl b. Şâzân gibi meşhur âlimlerin yaşadığı ilimperver bir şehirdi. Fadl, Onuncu ve Onbirinci İmam'ın ashabındandı. Talebeleri de ondan sonra Nişabur havzasını oluşturanlardı. Kaynaklarda Kuleynî'nin rivayet şeyhleri olan Ali b. Şâzân, Muhammed b. Şâzân -Fazl'ın kardeşleridir-, Ali b. Kuteybe Nişaburî ve Muhammed b. İsmail Berkî gibi bazılarının isimleri zikredilmiştir. Şia'nın büyük kelamcılarından İbn Abdek Cürcanî Nişabur'daydı. Bağdat kelamcılarının metoduyla amel ediyordu ve birkaç telifi vardı.
Semerkand şehri bu asırda Şiilerin ilim merkezlerinden biri sayılıyordu. Bu şehrin ilim ortamı, Muhammed b. Mesud Ayyaşî'nin faaliyetlerine borçlu kabul edilmelidir. O, bu bölgedeki Şii âlimlerinin büyüklerindendi. Üstadları ve şeyhleri, bir grup Kum, Kufe ve Bağdat muhaddisleriydi. Ayyaşî kendi evinde sıkça ders ve tartışma meclisleri düzenler, ehl-i ilim ve bilgi taliplileri sürekli orada hazır bulunur, kitaplardan nüsha çoğaltma, okuma, tashih ve mukabele ile meşgul olurlardı. Ayyaşî'nin talebeleri arasında rical sahibi Ebu Ömer ve Keşî, Muhammed b. Naim Semerkandî'ye işaret edilebilir. Semerkand havzasının diğer simalarından biri de Onbirinci İmam'ın ashabından Kum havzasında yetişmiş Hüseyin b. Eşkib Semerkandî idi. Kelamcı bir fakihti. Muhaliflere ve Zeydilere reddiye kitapları yazdı. Ayyaşî ve İbn Eşkib tarafından şekillendirilen Semerkand havzası, Gaybet-i Suğra dönemi boyunca, bu ikisinin talebeleri aracılığıyla idare edildi. Bunların öne çıkanı Haydar b. Muhammed b. Naim'di. Şia'nın bütün musannıfât ve ilkelerini Kum meşayihinden rivayet ediyordu. Yine musannıfâtının tamamı Ayyaşî idi.
Telifler ve Tasnifler
Gaybet-i Suğra zamanında Şia ulemasının telifleri dikkat çekici biçimde artmış, insicam ve yoğunluk kazanmıştı. İmam'ın (a.s) gaybetinden önce de Şia uleması ve büyükleri tarafından çok sayıda kitap yazılıyordu. Nitekim bunların en bariz örneği “Usûl-i Erbaa Mie” idi. Bununla birlikte gaybet asrının şartları, bu işin daha fazla gelişip yayılarak devam etmesini gerektiriyordu. Şiilerin, ilim ve kültür merkezlerine doğrudan erişmeyi zorlaştıran coğrafi dağınıklığı, ilmî mesele ve müşkülleri halletmede ilk merci olan İmam'ın bulunmaması ve gaybetin yanısıra bu konudaki temel etkenlerden sayılıyordu. Ehl-i Beyt'in ilimlerini öğrenmenin ardına düşenler veya dinlerinin ahkâm ve meselelerinde güçlük çekenler, onların ihtiyacını karşılayacak ehliyet sahibi merciye muhtaçtı. İmam'a ulaşma imkânının bulunmaması bu zorluğu ikiye katlıyordu. Özel naiplerin zaman ve mekân kısıtları, siyasi zorluklar ve devlet aygıtından gelen baskılar bu müşkülatı arttırıyordu.