Aslında bu temellendirmelerin üzerinde yer aldığı zemin felsefîdir. Halbuki bu zeminde delillerin ve karşıt delillerin metodolojik karakterleri mahiyet itibariyle epistemolojik bir sınırın aşılmasına izin vermez. Buradan hareketle ulaşılacak sonuç, Tanrı’nın varlığı ya da yokluğu değil O’nu ifade eden delillerin geçerliliği ya da geçersizliğidir. Ayrıca insan aklının veri ve imkânlarının mutlak varlık alanı üzerine metafizik bir söylem oluşturmada ne kadar sınırlı bir başarıya sahip olduğu İslâm felsefesinde Gazzâlî’den, Batı felsefesinde Kant’tan beri bilinmektedir. Bu yüzden sadece bilginin sınırları ve ileri sürülen delillerin geçerliliği seviyesinde kalan Tanrı karşıtı eleştirilerin ateizm lehine tezler ileri sürmeye imkân vermeyeceği açıktır. Ayrıca olaylar ve olgular alanıyla kayıtlanan bilim mahiyeti gereği bu tarz bir maceraya atılamaz. Şu halde salt bilimsel alanda kalındığı sürece bu konuda agnostisizmden ileri gitmek ve sonuçta bilimsel bir ateizmden söz etmek imkânsızdır. Ateizmin bütün çeşitlerinde bilimin objektiflik ve mutlaklığı değil süjenin şahsî tutumu belirleyici olmaktadır.
Önemli bir ateizm tezi de “kötülük problemi” dolayısıyla ileri sürülenidir. Tanrı’nın varlığı kanıtlanırken Tanrı-evren ilişkisi konusunda yapılan değerlendirmelerde Tanrı’nın evrendeki düzenin kaynağı, âhenkli zorunluluğun temeli olduğu fikri üzerinde durulur. Teizme göre yaratılan her şey mutlak hikmet ve adalet sahibi olan ilâhî bir zekânın ürünüdür ve her şey olması gerektiği gibidir. Ateistin bu durumu alt üst edebileceğini düşündüğü karşıt görüşü ise şu soru ile ifade edilir: Tanrı sadece iyilik kaynağı ise dünyadaki bu kötülük nereden gelmektedir? Özellikle David Hume ile birlikte bu sorunun şöyle bir ikileme yol açtığı söylenir: Ya Tanrı mutlak bir güce sahiptir ama kötülüğü ortadan kaldırmak istememiştir, yani O kötü niyetlidir, ya da Tanrı kötülüğün farkındadır ama onu önleyememiştir; bu durumda O’nun gücü sınırlıdır. Ateistler tarafından sıkça gündeme getirilen bu görüşün evrende tesadüfe yer olmadığını, aksine âhenkli bir zorunluluğun hüküm sürdüğünü savunanlara karşı kullanıldığı da görülür.
Ateistlerin kötülük problemi dolayısıyla ileri sürdükleri çelişki iddiası konuyu belli bir seviye çerçevesinde görmekle ilgilidir. Halbuki başka bir seviyeden bakılıp zorunluluk anlayışı zıtların arkasındaki birlik ve bütünlük açısından değerlendirildiğinde bu çelişki ortadan kalkar. Nitekim kötülüklerle savaşarak uygarlık alanında ilerleyen insanın ve kötülüklere rağmen iyiye yönelip erdemlileşme tekâmülünü tamamlamaya çalışan ahlâkî kişiliğin durumu ancak böyle anlaşılabilecektir. Buna göre söz konusu çelişkinin, dinin hedef aldığı ahlâkî hayatın mümkün kılınması bakımından da bir gerekliliği bulunmaktadır. Nitekim dünyada kötülüklerin bulunması, büyük ahlâk ve iman kahramanları açısından nihaî bir inanç buhranına asla yol açmamış, aksine pekiştirici rol oynamıştır.