Hilafeti kaybeden ve siyasî gücün sembolü konumundaki Bağdat'ın düşmesi sebebiyle rahatsızlık duyan Ehlisünnet suçlu arayışındaydı. En yakında, kolaylıkla suçlanabilecek grup Şiî rakiplerdi. Ancak bu suçlama Bağdat'ın düştüğü günlerde veya sonraki birkaç yılda dillendirilip kayıtlara geçirilmedi; bilakis olayın üzerinden onlarca yıl geçtikten sonra birdenbire Ehlisünnet kaynaklarında yeni bir bulguya yer verildi. İşte bu dönemde suç Şiîlerin üzerine atılmaya başlandı. Daha önce de ifade ettiğimiz üzere suçlayanların işaret ettikleri zanlılar Nasıruddin Tusî ve Müeyyüddin b. Alkamî idi. Öte yanda ise yüzlerce Sünnî âlim ve siyasetçi Moğol sarayında görev başındaydı. Elbette Moğollar Müslüman olmadıklarından böyle bir konuda hassasiyetleri yoktu. Her halükarda Nasıruddin Tusî'nin saraydaki varlığı, başta neredeyse bütün eserlerinde bir şekilde Şia ile çatışan İbn Teymiyye olmak üzere, muhaliflerin bu suçlayıcı rivayetleri üzerlerine eklemeler yaparak nakletmelerine neden oldu.
Abbas İkbal, Sünnî ve Şiî tarihçilerin İbn Alkamî'nin ve Şiîlerin Bağdat'ın fethindeki rolüyle ilgili görüş farklılıklarını ele almış ve şöyle yazmıştır: “Müslüman müelliflere, bilhassa halifenin katledilmesinden ve Abbasîlerin dağılmasından derin rahatsızlık ve üzüntü duyan Sünnî tarihçilere göre İbn Alkamî, Şiî olması hasebiyle halifenin oğlu Ebu Bekr'in Bağdat'ın Kereh mahallesindeki katliamından ve İmam Musa'nın (a.s) türbesinin yağmalanmasından dolayı üzüntü içerisindeydi ve üzüntüsü Abbasîlere yönelik kine dönüşmüştü. Bu nedenle de, neye mal olursa olsun, Hülagu'nun Bağdat'ı almasına yardım etme ve Abbasîleri kökten kazıma kararı almıştı. Bu amaçla Hülagu ve Nasıruddin Tusî'ye halifeden gizli elçiler gönderiyor, halifenin zayıfladığını ve Bağdat'ı almanın kolaylaştığını onlara duyuyordu… Şiî tarihçiler ise halifenin veziri olan İbn Alkamî'ye böylesi suçlamaları yakıştırmaz ve bu elemli hadisenin, halifenin zayıflığının, oğlu Ebu Bekr'in zulmünün, emirler ve komutanlar arasındaki nifakın neticesi olduğunu ileri sürerler. Özellikle Hülagu'nun Bağdat fethinden kırk beş yıl sonra, hicrî 701 yılında el-Fahrî adlı tarihini kaleme alan Muhammed b. Ali b. Tabataba, Sünnîlerin İbn Alkamî'ye yönelik bu tür suçlamalarını kabul etmez ve vezirin dürüstlüğünden, emanete vefasından ve dindarlığından övgüyle söz eder.” (Tarih-i Moğol, s. 186)
Dr. Şeybî ise bu bağlamda şunları yazar: “Bağdat'ın fethi, her ne kadar Türkistan'dan Irak'a dek bütün hükümetleri deviren genel Moğol istilasının bir neticesi olsa da, geçmişe dayalı Sünnî-Şiî ihtilafından dolayı suçlanan Şiîler olmuştur.” (Teşeyyu ve Tasavvuf, s. 51)
Kadı Nurullah ve Muhammed Bâkır Hansarî'nin Bağdat'ın fethini olumlu bir gelişme olarak değerlendirmeleri
Muahhar Şiîler Bağdat'ın fethiyle ilgili olarak nadiren görüş bildirmişlerdir. Bununla birlikte Şiîlerin, Masum İmamlarını (a.s) katleden ve aslında gayrimeşru addedilen zalim bir devletin yıkılmasından dolayı memnuniyet duyduklarını gösteren beyanlar vardır.
Bu konuda diğer âlimlere nispetle daha sarih açıklamalarda bulunan Kadı Nurullah, Nasıruddin Tusî'nin Hülagu ile haremiyle irtibat kurabilecek denli işbirliği içerisinde olduğunu ve Hülagu ile Begüm'ün onun sayesinde İslam'la müşerref olduğunu söyler. Kadı Nurullah'a göre İbn Alkamî, Hace Nasıruddin Tusî'nin padişahın nezdindeki konumundan haberdar olunca bir mektup yazmış ve onu Bağdat'ı fethetmeye teşvik etmiş ve ondan “Abbasîlerden Efendimizin (s.a.a) itretine yönelik eziyetlerinin intikamını almasını” talep etmiştir. Bunun üzerine de “Padişah, Nasıruddin Tusî'nin doğru yolu göstermesiyle, doğruluk yolunda ilerlemiştir.” (Mecalisü'l-Müminin, c. 2, s. 351)
Kadı Nurullah daha sonra Allame Hıllî'den söz ederek şöyle yazar: “Müçtehidlerin önderi Şeyh Cemaleddin (r.a) Keşfü'l-Hakk adlı kitabında Hz. Ali'nin, Moğol ve Tatar istilasını, Abbasî krallığının yıkılacağını ve kralın Hülagu tarafından öldürüleceğini haber verdiğini nakletmiştir. Allame Hıllî şöyle yazar: Bu yüzden Hülagu Han Bağdat'a yaklaştığında babam Şeyh Sedidüddin ve Seyyid İbn Tavus başta olmak üzere Necef, Kufe ve Hılle'nin ileri gelenleri Hülagu'ya bir mektup yazıp ondan aman istediler. Bunun üzerine Hülagu onları yanına çağırdı. Amanname olmadan yanına gitmeye korktuklarından sadece babam Hülagu ile görüştü. Hülagu, bu görüşmede babama zafer alametleri ortaya çıkmadan niçin mektup yazıp aman talep ettiniz? diye sorunca babam, Hz. Ali (a.s) senin ortaya çıkacağını önceden haber vermiş, Türklerin son Abbasî halifesine galip geleceklerini, onların padişahının çıkan her kaleyi ve şehri fetheden ikbal sahibi biri olacağını bildirmiştir, dedi. Babam bu kerametli rivayeti nakletmeyi bitirince Hülagu ona tazimde ve lütufta bulunup meşhed (Necef), Kufe ve Hılle halkı için ona amanname yazdı. Böylelikle mübarek türbe, Sünnîlere rağmen, istilacı Moğol ve Tatarların elinden kurtuldu.” (Mecalisü'l-Müminin, c. 2, s. 353)